سفارت جمهوری اسلامی در باکو در اطلاعیه‌ای، دخالت مهدی سبحانی، سفیر ایران در ارمنستان، را در حمایت از جدایی‌طلبان قره‌باغ و تلاش برای ارسال سلاح به ارمنستان در مقابل جمهوری آذربایجان، رد کرد.
ماموریت سبحانی به عنوان سفیر جمهوری اسلامی در ارمنستان، دهم شهریور، برابر اول ماه میلادی سپتامبر به پایان می‌رسد. وب‌سایت آذربایجانی آخار، هشتم شهریور، در مطلبی با عنوان «سفیر نفرت‌پراکن ایران علیه آذربایجان برکنار شد» به نقش سبحانی در ارمنستان پرداخت.
در این مقاله، آخار، سبحانی را بیش از یک دیپلمات یک «مامور امنیتی» ارزیابی کرده بود که از زمان انتصاب در فروردین ۱۴۰۲، به عنوان سفیر جمهوری‌اسلامی در ارمنستان، دو خط مشی را دنبال کرده است؛ «دامن زدن به جدایی‌طلب نیروهای قره‌باغ» و «تامین سلاح و حمایت نظامی از ارمنستان».
سفارت جمهوری اسلامی در جمهوری آذربایجان، یکشنبه نهم شهریور، در اطلاعیه‌ای اعلام کرد، مطالب موجود در این مقاله درباره «ماموریت [سبحانی] برای حمایت از جدایی طلبان قره‌باغ و یا حمایت تسلیحاتی از دولت ارمنستان» به کلی کذب است.
سبحانی اردیبهشت ۱۴۰۰ به عنوان سفیر جمهوری اسلامی در سوریه، در دوران حکومت بشار اسد منصوب شده بود. در دوره ماموریت او در دمشق، او همواره به طور کامل از اسد حمایت کرد.
سایت آخار به دوره ماموریت او در سوریه اشاره کرد و انتصاب سفیر سابق سوریه در ارمنستان، زمانی که جدایی‌طلبان قره‌باغ هنوز در قدرت بودند، را نشانه‌ای از عزم جمهوری‌اسلامی برای حمایت نظامی نیروهای جدایی طلب قره‌باغ دانست.
این وب‌سایت سبحانی را متهم کرد که به دلیل زمینه‌های قومی، با مسعود پزشکیان، رییس دولت جمهوری اسلامی، «دشمنی» دارد. آخار نوشت سبحانی در بازخواندن عباس موسوی، سفیر جمهوری اسلامی در جمهوری آذربایجان به دلیل آنچه این وب‌سایت آن را «تلاش موسوی برای عادی سازی روابط دو کشور» دانسته، نقش داشته است.
در پاسخ وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی، با یادآوری «مواضع اصولی» حکومت ایران در رابطه با حمایت از روند حل و فصل مسالمت آمیز مناقشه قره‌باغ و احیای تمامیت ارضی جمهوری آذربایجان، مقاله آخار «تخیلات ذهنی و گمانه زنی های» نویسنده خوانده شده است.
روابط جمهوری اسلامی و جمهوری آذربایجان از سال ۱۴۰۰ تاکنون، فراز و نشیب‌های بسیاری داشته است. در جریان جنگ قره‌باغ در سال ۲۰۲۰، جمهوری اسلامی تلاش کرد رویکردی بی‌طرفانه داشته باشد. با این‌حال در مناقشه باکو و ایروان، جمهوری اسلامی به صورت اصولی، بیشتر در موضوعاتی چون دالان زنگزور، با ارمنستان موافق بود.
بهمن‌ماه ۱۴۰۱ در پی حمله مسلحانه به سفارت جمهوری آذربایجان در تهران، روابط دو طرف دچار تنش شد. با این‌حال، دوکشور همواره رزمایش‌های مشترک با هم برگزار کردند.
پس از مرگ ابرهیم رئیسی، صداهایی در تهران به گوش رسید که جمهوری آذربایجان را به دلیل همکاری نزدیک امنیتی با اسرائیل، به همکاری در «ترور» رئیسی متهم می‌کرد؛ با این حال این اتهام هرگز اثبات نشد.
