او به دلیل تبدیل پاکستان به یک قدرت هسته‌ای مورد ستایش مقامات کشورش بود، اما شانزده سال پیش، در مرکز یک رسوایی جهانی درباره انتقال غیرقانونی فناوری هسته‌ای به ایران، کره شمالی و لیبی قرار گرفت.

عبدالقادر خان پس از اعتراف در تلویزیون ملی پاکستان، از سوی پرویز مشرف، رییس جمهوری وقت پاکستان مورد عفو قرار گرفت، اما سال‌ها در خانه‌اش در اسلام‌آباد حصر شد.

خان در اعترافاتش گفت بدون اطلاع مقام‌های دولتی به تنهایی عمل کرده، اما او بعدا گفت سپر بلا قرار گرفته بود.

عارف علوی و عمران خان رییس جمهوری و نخست وزیر پاکستان در پیام‌هایی از عبدالقادر خان ستایش کرده‌اند.

رییس جمهوری پاکستان نوشت عبدالقادر خان «به ما در ایجاد بازدارندگی هسته‌ای نجات‌دهنده کشور کمک کرد.»