وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در بیانیه‌ای اعلام کرد در جریان جنگ ۱۲ روزه و ماه‌های پیش از آن، ۱۳ طرح ترور را خنثی کرده و از کشته شدن ۳۵ مقام ارشد جمهوری اسلامی جلوگیری کرده است. این وزارتخانه اسرائیل را عامل این طرح‌ها معرفی کرد و گفت مقابله با «تهدیدهای ترکیبی» ادامه دارد.
وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی دوشنبه ششم مرداد از رویارویی نیروهای امنیتی با آن‌چه «ناتوی اطلاعاتی-امنیتی غرب» خوانده، خبر داد و اعلام کرد که هدف این حملات، براندازی نظام و تجزیه ایران بوده است.
به‌گفته این وزارتخانه، آن‌چه در این دوره رخ داد «یک طرح جنگی با بهره‌گیری تمام‌عیار از مولفه‌های ترکیبی نظامی، امنیتی، اطلاعاتی، جنگ شناختی، ترور، خرابکاری و ایجاد آشوب داخلی و براندازی نظام و تجزیه ایران» بوده است.
عباس عراقچی، وزیر خارجه جمهوری اسلامی، پنجم مرداد از بمب‌گذاری در خانه روبه‌روی محل سکونتش در دوران جنگ ۱۲ روزه با اسرائیل خبر داد و گفت هیچ تماس مستقیمی از سوی اسرائیل با او برقرار نشده است.
او همچنین افزود: «در مسیر رفت و برگشت به ترکیه برای مذاکرات در حین جنگ، «چند بار پهپاد در مسیر رفت‌وآمد ما ظاهر شد».
علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی سوم مرداد کشته شدن فرماندهان عالی‌رتبه نظامی و عوامل برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی در روز اول جنگ ۱۲ روزه با اسرائیل را «سنگین» توصیف کرد، اما گفت که اسرائیل «به هدف خود نرسید.»
خامنه‌ای در پیامی به مناسبت چهلمین روز کشته شدن این فرماندهان نظامی نامی از اسرائیل و آمریکا نبرد، اما گفت: «بی‌شک فقدان فرماندهانی چون باقری و سلامی و رشید و حاجی‌زاده و شادمانی و... و دانشمندانی چون طهرانچی و عباسی و...، برای هر ملتی سنگین است. اما دشمن ابله وکوته‌بین به هدف خود نرسید.»
وزارت اطلاعات همچنین اعلام کرد که گروه‌های «تروریستی و تکفیری» در این دوره، «با هدایت عوامل آمریکایی و اسرائیلی» مامور به اجرای اقدامات ویژه برای «ایجاد ناامنی، عملیات تروریستی کلان و تلاش برای تجزیه کشور» بوده‌اند.
عبدالله شهبازی، مدیر سابق موسسه مطالعات و پژوهش‌های سیاسی (منسوب به وزارت اطلاعات) ۱۸ تیر درباره وضعیت حکومت ایران پس از جنگ ۱۲ روزه نوشت فضای کشور در دست «قدرت متخاصم» است و مقام‌های جمهوری اسلامی شبیه اعضای گروه‌های چریکی مخفی باید هر شب خانه امن عوض کنند.
شهبازی که یک دهه همکاری نزدیکی با وزارت اطلاعات داشت، در حساب شبکه ایکس خود نوشت مقام‌های جمهوری اسلامی باید وسایل ارتباطی مثل موبایل را از «بیم ترور» از خود دور کنند.
