غلامحسین محسنی اژه‌ای، رییس قوه قضاییه، حمزه خلیلی را به عنوان معاون اول این قوه منصوب کرد. خلیلی به عنوان یکی از مقام‌های قضایی جمهوری اسلامی، در نقض جدی و فاحش حقوق بشر در ایران نقش داشته است. او در استان‌های خراسان رضوی، قم، گلستان، گیلان و شهر کرج، رییس دادگستری بوده است.
میزان، خبرگزاری قوه قضاییه جمهوری اسلامی، در گزارشی با اعلام خبر انتصاب خلیلی به عنوان معاون اول قوه قضاییه نوشت شروع کار او در دستگاه قضایی از آذر ماه سال ۱۳۷۴ به عنوان قاضی تحقیق در استان تهران بوده و در همین استان، دادیار و دادرس نیز بوده است.
بر اساس این گزارش، خلیلی متولد سال ۱۳۴۲ و دارای مدرک فوق‌لیسانس جزا و جرم‌شناسی از دانشگاه تهران است.
او در فاصله سال‌های ۱۳۸۲ تا ۱۴۰۲ به عنوان ریاست دادگستری شهر کرج، استان خراسان رضوی، استان قم، استان گلستان و استان گیلان مشغول به کار بوده است.
به نوشته میزان، خلیلی در زمان ریاست محمد یزدی بر قوه قضاییه، به مدت ۱۰ سال در دفتر نظارت و پیگیری این قوه فعالیت داشته است.
سایت دادگستر که با عنوان بانک اطلاعاتی «ناقضان حقوق بشر در ایران» شناخته می‌شود، خلیلی را یکی از ناقضان جدی و فاحش حقوق بشر در ایران معرفی کرده و نوشته است او به ویژه در مقام رییس کل دادگستری استان گیلان، در نقض جدی حقوق بشر به وسیله دادگاه‌های این استان نقش داشته است و به دلیل اجرای احکام اعدام از سوی دادگستری استان گیلان و دادگاه‌های زیر نظر آن، مسوول است.
به نوشته دادگستر، مشارکت در سرکوب حق اعتراض شهروندان در جریان اعتراضات سراسری ۱۴۰۱ در استان گیلان از دیگر اقدامات خلیلی بوده است.
بر این اساس، او در زمان ریاستش بر اداره‌های کل دادگستری، در اعدام شهروندان با اتهامات مختلف، بازداشت و زندانی کردن بهائیان، مسیحیان، معلمان و زنان و پلمب واحدهای صنفی به بهانه رعایت نکردن حجاب، دخیل بوده است.
این نهاد وابسته به مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران، بخشی از اخبار و گزارش‌های مرتبط با اعمالی را که حاکی از نقض حقوق بشر به دست خلیلی است، منتشر کرده است.
محسنی اژه‌ای که خود از ناقضان جدی نقض حقوق بشر در ایران است و در کشتار منتقدان، سرکوب روزنامه‌نگاران و شکنجه و اعدام معترضان در سال‌های گذشته دست داشته، روز پنجشنبه ۳۰ فروردین، در جریان یک نشست با روسای کل دادگستری و دادستان‌های مراکز استان‌ها، خلیلی را «فردی توانمند و اهل کار میدانی» توصیف کرد و گفت: «او سالیان زیادی در سمت ریاست دادگستری استان قم مشغول خدمت بود و با مراجع عظام تقلید و مسوولان و مقامات در مرکز در ارتباط بود.»
پیش از حمزه خلیلی، محمد مصدق کهنمویی معاون اول قوه قضاییه بود. او ۲۳ اسفند ۱۴۰۲، چند روز پس از برگزاری دادگاه پرونده فساد مالی فرزندانش، استعفا داد و محسنی اژه‌ای استعفای او را پذیرفت.
مصدق از تیر ماه ۱۴۰۰ در سمت معاون اول قوه قضاییه بود.
بر اساس کیفرخواست دادگاه، دو فرزند او متهم هستند که با «سوءاستفاده از نام پدرشان» وجوهی کلان دریافت کرده‌اند.
او پیش از انتصاب به عنوان معاون اول دستگاه قضایی جمهوری اسلامی از سوی اژه‌ای، در دوران ریاست ابراهیم رئیسی بر قوه قضاییه، رییس دیوان عدالت اداری و پیش از آن، معاون حقوقی رییس این قوه بود.