شورای عالی انقلاب فرهنگی با انتشار بیانیه‌ای در آستانه آغاز سال تحصیلی دانشگاه‌های کشور، استادهای اخراج شده را به «بروز رفتارهای غیر دانشگاهی در نهاد علم» و «ایجاد اختلال» در امر آموزش و پرورش متهم کرد.
ده‌ها استاد در هفته‌ها و ماه‌های گذشته به دلیل رویکرد انتقادی خود و حمایت از دانشجویان و مردم معترض با توجیه «بازنشستگی، تمدید نشدن قرارداد و قطع همکاری» از دانشگاه اخراج شدند.
روز یکشنبه ۲۶ شهریور، شورای عالی انقلابی فرهنگی که ریاست آن بر عهده ابراهیم رئیسی است بیانیه‌ای منتشر کرد و در واکنشی دیرهنگام به این اخراج‌ها گفت «تعداد بسیار اندکی از مدرسان با انگیزه‌های مختلف با بروز رفتارهای غیردانشگاهی در نهاد علم که امر آموزش و پژوهش را دچار اختلال می‌کند سعی باطل در آسیب زدن به جریان رشد علمی کشور دارند».
دبیرخانه این شورا در بیانیه خود اعتراض استادان به اخراج‌شان را با هدف «تربیت و تعالی در دانشگاه» در تعارض خواند و گفت «بی‌شک» باید با بروز آن بر اساس منافع ملی مقابله کرد.
روزنامه اعتماد با انتشار گزارش‌هایی خبر داده بود که تنها طی دولت سیزدهم یعنی از شهریور ۱۴۰۰ تا شهریور امسال، دست‌کم ۱۱۰ استاد مشمول پاکسازی دانشگاه‌ها شده‌اند.
بر اساس این گزارش، در حالی که از تابستان پارسال تاکنون، نام ده‌ها استاد دانشگاه در فهرست ممنوع‌الورودها، ممنوع‌التدریس‌ها، اخراجی‌ها و بازنشسته‌های اجباری قرار گرفته بود، در اوایل شهریور تعداد دیگری نیز به این فهرست اضافه شد.
در دانشگاه‌های آزاد، تهران، علوم پزشکی تهران، علامه طباطبایی و شهید بهشتی، بیشترین احکام تعلیق، انفصال موقت از تدریس، ممنوع الورودی، قطع حقوق استاد، پایان همکاری و بازنشستگی اجباری صادر شده است.
با این‌حال برخی مسوولان دانشگاه‌ها، مقام‌های سیاسی و نمایندگان مجلس در واکنش به پاکسازی دانشگاه‌ها از استادان منتقد، تنها تاکید داشتند که به‌جای «اخراج» باید از عباراتی مانند «عدم احراز صلاحیت»، «تمدید نشدن قرارداد» و «قطع همکاری» استفاده کرد.
در رویکردی متناقض اما، طرفداران حکومت بر این تاکید کردند که استادان اخراج شده «چارچوب‌های» موردنظر را رعایت نکرده و دانشگاه و وزارت علوم، تحقیقات و فناوری «حق» اخراج‌شان را داشتند.
روند تصفیه در دانشگاه‌ها اما واکنش‌های منفی بسیاری را نیز از سوی دانشجویان، تشکل‌ها و نهادهای صنفی و حتی برخی جریان‌ها و شخصیت‌های نزدیک به حکومت را در پی داشت.
دبیرخانه شورای عالی انقلاب در بیانیه جدید خود در آستانه بازگشایی دانشگاه‌ها تاکید کرد که آموزش عالی «تحت تاثیر این القائات» قرار نخواهد گرفت و برخورد دانشگاه‌ها با برخی مدرسانی که «رفتارهای غیر دانشگاهی داشته‌اند» قانونی بوده است.
این بیانیه البته یادآور شد که اگر از مدرسانی که همکاری آن‌ها با دانشگاه قطع شده به این موضوع اعتراض دارند، دبیرخانه شورای عالی انقلاب فرهنگی «پذیرا و شنیدار سخنان ایشان برای تظلم‌خواهی» است.
چندی پیش سندی درباره تلاش دولت ابراهیم رئیسی برای جذب ۱۵هزار عضو هیات علمی همسو به صورت «سهمیه‌ای، فوری و خارج از چارچوب علمی» موجود دانشگاه‌ها منتشر شد.
روزنامه اعتماد پیش‌تر گزارش داده بود که برخی اعضای کابینه توافق کرده‌اند که حذف هیات علمی‌های دانشگاه‌های وابسته به وزارت علوم تا جایی ادامه یابد که «جا برای جذب دستوری ۱۰ هزار نفر خالی شود».
اگرچه برخی مدیران در وزارت علوم، درباره این نامه اظهار بی‌خبری کرده‌اند اما محتوای این نامه هنوز از سوی کابینه تکذیب نشده است.
با وجود آنکه طی ماه‌های اخیر اخبار اخراج استادها و بازخوانی سابقه تصفیه در دانشگاه‌ها در دهه‌های ۱۳۸۰ و ۱۳۹۰، فراوانی بالایی در رسانه‌ها داشته اما تعداد دقیق استادانی که محکوم به خانه‌نشینی شده‌اند نامعلوم است.
با این‌حال، تعداد قابل توجهی از استادان اخراجی، در فاصله پاییز پارسال تا شهریور امسال از حضور در کرسی استادی دانشگاه محروم شده‌اند.