اسناد منتشر شده در پی هک سایت ریاست‌جمهوری به دست گروه «قیام تا سرنگونی»، از نقش گسترده «قرارگاه ثارالله» سپاه در سرکوب دانشجویان در جریان خیزش انقلابی ایرانیان خبر می‌دهد.
به گزارش مجتبا پورمحسن، عضو هیات تحریریه ایران‌اینترنشنال، در سندی خیلی محرمانه از جلسه کمیته دانش و کمیته اطلاعاتی-امنیتی دانشگاه‌ها با امضای محمدحسین زیبایی‌نژاد مشهور به حسین نجات، جانشین فرمانده «قرارگاه ثارالله»، و با استناد به تصمیم شورای امنیت کشور، با لغو حکم ممنوع‌الورود کردن دانشجویان معترض به خوابگاه‌ها مخالفت شده است.
یک سند محرمانه دیگر به تاریخ ۱۲ بهمن از جلسه کمیته دانش و کمیته اطلاعاتی-امنیتی دانشگاه‌ها نشان می‌دهد سپاه از پوشش اختیاری دانشجویان دختر ابراز نارضایتی کرده و خواستار اختلال در ثبت‌نام این دانشجویان شده است.
طبق این سند افشا شده، معاونت اطلاعات «قرارگاه ثارالله» فهرستی از اساتید دانشگاه‌ها را که با سرکوب دانشجویان در جریان خیزش انقلابی همراه نشدند تهیه کرده و با ارائه آن به وزارت علوم، خواستار جابجایی این استادها شده است
این قرارگاه همچنین خواستار انحلال انجمن اسلامی دانشگاه شریف شده است.
در سند افشا شده با اشاره به عفو و آزادی برخی دانشجویان معترض، خواسته شده در نامه به رییس قوه قضاییه مقرر شود هر تصمیمی درباره دانشجویان زندانی، فقط و فقط با نظر بازجوهای سپاه پاسداران گرفته شود
طبق اسناد افشا شده، «قرارگاه ثارالله» با استناد به ادعاهای دانشجویان بسیجی مبنی بر اینکه استادان به دلیل همراهی بسیجی‌ها با سرکوب، نمره این دانشجویان را کم کرده‌اند، به دانشگاه‌ها دستور داده که اساتید برگه‌های امتحانی دانشجویان بسیجی را ضمیمه برگه نمرات کنند.