علی خامنه‌ای پس از گذشت چند ماه از آغاز حملات شیمیایی علیه دختران دانش‌آموز، در اولین واکنش خود در این باره، به نقش حکومت هیچ اشاره‌ای نکرد و فقط خواستار مجازات عوامل حملات شد. همزمان رییس قوه قضاییه تهدید کرد هر کسی در این باره «شایعه و التهاب‌آفرینی» کند، احضار می‌شود.
در حالی که مردم و فعالان مدنی و سیاسی، حکومت جمهوری اسلامی به دست داشتن در حملات شیمیایی به مدارس متهم کرده‌اند، خامنه‌ای روز دوشنبه ۱۵ اسفند در یک سخنرانی کوتاه این حملات را «جنایتی بزرگ» خواند و گفت کسانی که در این موضوع نقش دارند «به اشد مجازات برسند».
این اظهارات در حالی است که خامنه‌ای در بیش از سه ماه گذشته که از آغاز حملات شیمیایی علیه دانش‌آموزان ایران می‌گذرد، هیچ واکنشی نشان نداده بود.
همزمان غلامحسین محسنی اژه‌ای، رییس قوه قضاییه جمهوری اسلامی، مردم و فعالان را تهدید کرد که از متهم کردن حکومت در این حملات خودداری کنند.
او روز دوشنبه گفت «کسانی که نسبت به این موضوع همراه با دشمن التهاب‌آفرینی، دروغ‌پراکنی می‌کنند و شایعه می‌سازند» باید احضار شوند.
اژه‌ای ادامه داد اگر این افراد «سوءنیت» دارند یا «غفلت کرده‌اند» که نمی‌شود از آنان گذشت.
او افزود عاملان مسمومیت‌ها، مفسد فی‌الارض هستند و اگر شناسایی و دستگیر شوند «قوه قضاییه به‌صورت کاملا ویژه و خارج از وقت به آن رسیدگی می‌کند و عناصری که دخیل هستند به اشد مجازات خواهند رسید».
این اظهارات اژه‌ای در حالی است که مقام‌های جمهوری اسلامی گزارش دقیق و مستندی از عوامل این حملات ارائه نکرده‌اند و بدون ارائه مدرکی، «دشمنان» جمهوری اسلامی را به دست داشتن در این حملات متهم می‌کنند.
اما با ادامه یافتن حملات شیمیایی به مدارس ایران، فعالان ایرانی احتمال نقش داشتن جمهوری اسلامی در این حملات را نسبت به سایر احتمالات قوی‌تر دانسته و بر نقش «یک اتاق فکر در درون برخی نهادهای حکومتی» در این زمینه تاکید کرده‌اند.
صدیقه وسمقی اسلام‌شناس و عضو پیشین شورای شهر تهران در یادداشتی نوشت که یکی از این احتمالات این است که «این اقدام جنایت‌کارانه و شرورانه محصول یک اتاق فکر در درون برخی نهادهای حکومتی باشد، از آن دست اتاق‌های فکری که تاکنون محصولاتش قتل دگراندیشان و نویسندگان، شلیک به هواپیمای مسافربری، شلیک به چشم دختران، استخدام و به کارگیری اشرار برای ارتکاب جنایاتی بوده که معمولا نیروهای شریف درون حکومت از ارتکاب آنها سر باز می‌زنند.»
علاوه بر این،۴۲۰ فعال سیاسی و مدنی در بیانیه‌ای اعلام کردند که عدم برخورد با عاملان مسموم کردن دانش‌آموزان «این نگرانی را به همراه دارد که آیا توان برخورد با این مساله وجود ندارد و یا برنامه‌ریزان و مسببان این واقعه اسفناک جایگاه ویژه‌ای دارند و به همین دلیل تا کنون شناسایی و یا معرفی نشده‌اند.»
هاشم آقاجری، غلام‌حیدر ابراهیمبای‌سلامی، ابوالفضل بازرگان،عبدالعلی بازرگان، محمدحسین بنی‌اسدی، حبیب‌الله پیمان،محمد توسلی، حسین کروبی و علی‌اصغر خدایاری از امضاکنندگان این بیانیه هستند.
فقط در روز یکشنبه، دستکم بیش از ۸۰ مدرسه در سراسر ایران هدف چنین حملاتی قرار گرفتند، اما برخی مسئولان وزارت آموزش و پرورش دانش‌آموزان را به «جوگیری» و «فیلم بازی کردن» متهم کرده‌اند.
پیشتر معاون وزیر بهداشت تایید کرده بود که افرادی با انجام این حملات، در تلاش برای تعطیلی مدارس به ویژه مدارس دخترانه در ایران هستند.
درخواست خامنه‌ای برای پیگیری قضایی عاملان این حملات در حالی است که پیشتر جمهوری اسلامی عاملان اسیدپاشی به زنان ایرانی را مجازات نکرده است.