بیمارستان کسری در اطلاعیه‌ای اعلام کرد که مهسا امینی بدون «علائم حیاتی» و در حالت «مرگ مغزی» به این بیمارستان منتقل شده و ۴۸ ساعت پس از احیا بار دیگر دچار ایست قلبی شد و درگذشت.
بر اساس این اطلاعیه که در اینستاگرام منتشر شده، مهسا امینی در ساعت ۲۰:۲۲ روز سه‌شنبه ۲۲ شهریور ماه با «ارست قلبی تنفسی کد ۹۹ (ایست قلبی)، بدون علائم حیاتی و میدریاز دوبل (مرگ مغزی)» به بیمارستان کسری منتقل شده بود.
بیمارستان کسری اعلام کرد که پس از عملیات احیا، ضربان قلب مهسا امینی برگشت و او در بخش مراقبت‌های ویژه بستری شد.
با این حال این اطلاعیه افزوده این زن جوان ۲۲ ساله پس از ۴۸ ساعت در روز جمعه دوباره دچار «ارست قلبی(ایست قلبی)» شده که با توجه به مرگ مغزی تیم پزشکی موفق به احیا نشدند.
پزشکی قانونی تهران اعلام کرده که دلیل مرگ مهسا امینی دو تا سه هفته دیگر به مقام قضایی اعلام می‌شود.
با این حال خبرگزاری فارس به نقل از «یک منبع آگاه» که نام او ذکر نشده، مدعی شد که نتایج بررسی اولیه پزشکی قانونی دلیل مرگ امینی را «سکته قلبی» اعلام کرده است. این خبرگزاری نوشت که «در سی تی اسکن مغزی علایمی مبنی بر هیدروسفال بودن (عارضه قبلی) گزارش شده است.»
خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه پاسداران، همچنین مدعی شد که مهسا امینی «در پنج سالگی هم تومور مغزی عمل کرده و مبتلا به بیماری صرع و دیابت نوع یک بوده است».
خانواده مهسا امینی اعلام کرده‌اند که او در زمان بازداشت کاملا سالم بوده و هیچ مشکلی نداشته است.
ساعاتی پس از اعلام خبر درگذشت مهسا امینی، تلویزیون ایران بدون انتشار فیلم یا عکسی از لحظه بازداشت، فیلم بیهوش شدن او را منتشر کرد.
فیلم دوربین‌های مداربسته، شخصی را که گفته می‌شود مهسا امینی است، در سالن اجتماعات «پلیس امنیت اخلاقی» نشان می‌دهد که پس از بحث با یک مامور زن نیروی انتظامی، به زمین می‌افتد.
خانواده مهسا امینی اعلام کرده‌اند که در حین بازداشت او، درگیری رخ داده و ماموران برادر او را نیز کتک زده‌اند.
از جمله دایی مهسا گفت: «برادر مهسا آنجا بوده و وقتی خواسته مقاومت کند و اجازه ندهد [مهسا را بازداشت کنند] گاز اشک‌آور زده و پراکنده کرده‌اند.»
برخی از کاربران شبکه‌های اجتماعی به تناقض‌های این فیلم اشاره کرده‌اند. از جمله اینکه در زمان ورود مهسا امینی به ساختمان هوا هنوز روشن است اما در سالن اجتماعات لامپ‌ها روشن است و بیهوش شدن او در شب رخ داده است.
پسرخاله مهسا امینی نیز نوشت که بر روی لباس یکی از ماموران در حین بازداشت دوربین نصب شده بوده است و خواستار نمایش این فیلم‌ها شد.
مراسم خاکسپاری مهسا روز شنبه در سقز انجام شد. نیروهای امنیتی در سقز به سمت مردم معترضی که پس از تشییع پیکر مهسا مقابل ساختمان فرمانداری تجمع کرده بودند، تیراندازی کردند.
هزاران نفر در مراسم خاکسپاری مهسا امینی که بر اثر شدت ضرب و حرج ماموران گشت ارشاد کشته شد، شعار‌هایی از جمله «مرگ بر دیکتاتور» و «ننگ ما ننگ ما رهبر الدنگ ما» سر دادند.