سازمان زندان‌ها و اقدامات تامینی و تربیتی کشور، زیر نظر قوه قضاییه، با ابلاغ بخشنامه‌ای به زندان‌های سراسر ایران «ارتکاب رفتارهای سوء از قبیل تندخویی، رفتار و گفتار موهن و هر گونه آزار و شکنجه روانی و جسمی زندانیان و متهمان بازداشتی» را «مطلقا ممنوع» اعلام کرد.
مرکز رسانه قوه قضاییه روز سه‌شنبه ۲۱ دی اعلام کرد که غلامعلی محمدی رییس سازمان زندان‌ها این بخشنامه را روز ۱۹ دی‌ماه به ادارات کل زندان‌های سراسر کشور ابلاغ کرده است.
این بخشنامه با عنوان «حقوق زندانیان و بازداشت‌شدگان و رعایت جنبه‌های اسلامی، اخلاقی و انسانی در برخورد با آنان» شامل ۸ بند است.
علاوه بر ممنوعیت شکنجه و تبعیض «بر پایه نژاد، جنس، زبان، مذهب، باورهای سیاسی و یا تمکن مالی» علیه زندانیان و بازداشت‌شدگان، موراد دیگری از جمله «ممنوعیت انگشت‌نگاری، بازرسی بدنی بدون لباس و پذیرش زندانی دارای بیماری حاد»، «لزوم طبقه‌بندی بازداشت‌شدگان و اعمال نظارت‌های سرزده بر بندها» و «ممنوعیت تندخویی، دستنبند و پابند و کوتاه کردن موی سر و صورت» در این بخشنامه ذکر شده است.
همچنین بر اساس این دستورالعمل، زندان‌های جمهوری اسلامی باید «تسهیلات ویژه برای زندانیان زن، زنان باردار، مادران و اقلیت‌های دینی» و همچنین «تماس تلفنی متهم در اسرع وقت با خانواده و وکیل وی به صورت رایگان و شبانه‌روزی در ۴۸ ساعت اولیه» را فراهم کند.
در بخش تسهیلات زندانیان زن و زندانیان سیاسی آمده است: «در موارد اعزام به خارج از زندان، الزام زنان به استفاده از چادر و یا الزام متهمان جرایم سیاسی و مطبوعاتی، متهمان جرایم مالی (حقوقی) و افراد زیر هجده سال به پوشیدن لباس متحدالشکل زندان، ممنوع است.»
درباره شرایط سلول‌های انفرادی آورده شده که برای همه زندانیان «در مرحله اول حداکثر ۱۰ روز و در مرحله دوم حداکثر ۱۵ روز» است.
همچنین انفرادی برای «زنان باردار و زنان همراه فرزند، ممنوع است» و افرادی «متهمان جرایم سیاسی ممنوع بوده به جز در مواردی که مقام قضایی بیم تبانی بدهد یا آن را برای تکمیل تحقیقات لازم بداند که در هر حال مدت آن نباید از ۱۵ روز بیشتر شود.»
صدور این بخشنامه در شرایطی است که در دهه‌های اخیر گزارش‌های متعددی درباره شرایط ناگوار و غیرانسانی و اعمال شکنجه در زندان‌های ایران منتشر شده که در بسیاری از موارد، از جمله مورد ستار بهشتی، زهرا کاظمی و بازداشتی‌های اعتراضات سال ۱۳۸۸ منجر به مرگ زندانی شده است.
گروه هکری «عدالت علی» اواخر مرداد ماه با انتشار تصاویری از دوربین‌های امنیتی زندان اوین، درباره اعمال شکنجه و رفتارهای غیرانسانی در این زندان افشاگری کرد.
کمی بعد، سپیده قلیان گزارش‌هایی از اعمال شکنجه از جمله الزام پوشیدن چادر در بند زنان زندان بوشهر منتشر کرد.
جمهوری اسلامی به ویژه در زمینه اطلاع‌رسانی درباره محل و شرایط بازداشت بازداشت‌شدگان و همچنین دسترسی آنان به وکیل محدودیت‌های گسترده‌ای اعمال می‌کند.
نرگس محمدی، نایب رییس کانون مدافعان حقوق بشر پیشتر در نامه‌ای به نمایندگان عضو کمیسیون اصل نود مجلس شورای اسلامی، خواستار تشکیل کمیته‌ای برای بررسی ابعاد حقوقی- امنیتی «سلول انفرادی» در زندان‌های جمهوری اسلامی شده بود.
محمدی که مادر دو کودک است، اکنون با اتهام‌های سیاسی در سلول انفرادی زندانی است و به گفته تقی رحمانی، همسر محمدی، بازپرس دادسرای اوین اعلام کرده این زندانی حق انتخاب وکیل ندارد.
قوه قضاییه ایران همواره گزارش‌های گزارشگران سازمان ملل متحد در زمینه وضعیت نقض حقوق بشر در ایران را رد کرده و سال گذشته ابراهیم رئیسی، رئیس وقت قوه قضاییه گفت ایران فقط در شرایطی حاضر است درهای زندان‌های کشور را به روی فعالان و گزارشگران حقوق بشر باز کند که «بگذارند ما هم هر زندانی را که در کشور آن‌ها می‌خواهیم ببینیم.»