علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی، در نخستین پیام خود پس از اعلام آتش‌بس میان جمهوری اسلامی و اسرائیل، بار دیگر از تلاش حکومت ایران برای «نابودی» اسرائیل در این جنگ گفت. سپاه پاسداران نیز در بیانیه‌ای جداگانه مجددا اسرائیل را به «نابودی» تهدید کرد.
خامنه‌ای پنج‌شنبه پنجم تیر در سومین پیام ویدیویی خود درباره جنگ ۱۲ روزه میان جمهوری اسلامی و اسرائیل گفت آمریکا به‌صورت مستقیم وارد جنگ با حکومت ایران شد، زیرا احساس کرد در صورت عدم مداخله، اسرائیل «به‌کلی نابود خواهد شد».
او افزود: «اینجا هم جمهوری اسلامی پیروز شد و سیلی سختی به گونه آمریکا نواخت.»
رهبر جمهوری اسلامی بدون اشاره به آتش‌بس و ضمن رد درخواست تسلیم حکومت گفت «با آن همه هیاهو و ادعا»، اسرائیل «زیر ضربات جمهوری اسلامی تقریبا از پا درآمد و لِه شد».
خامنه‌ای در ادامه پیام ویدیویی خود، به حمله موشکی جمهوری اسلامی به پایگاه آمریکایی العدید در قطر اشاره کرد و گفت: «در آینده هم این حادثه قابل تکرار است؛ در صورتی که تعرضی صورت بگیرد، هزینه دشمن قطعا هزینه بالایی خواهد بود.»
او اضافه کرد: «آمریکایی‌ها در حمله به تاسیسات هسته‌ای نتوانستند کار مهمی انجام دهند.»
رهبر جمهوری اسلامی از آغاز جنگ با اسرائیل به یک پناهگاه زیرزمینی منتقل شده و با وجود برقراری آتش‌بس میان دو طرف، همچنان این مخفیگاه را ترک نکرده است.
نیویورک‌تایمز نیز ۳۱ خرداد نوشت در پی حملات شدید اسرائیل به تهران، خامنه‌ای از پناهگاه خود سه روحانی ارشد را به‌عنوان جانشینان احتمالی‌اش معرفی کرده است.
ادامه تهدیدات سپاه و رییس ستاد کل نیروهای مسلح
سپاه پاسداران پنجم تیر در بیانیه‌ای با اشاره به رویارویی نظامی به اسرائیل اعلام کرد: «شروع‌کننده جنگ ارتش اسرائیل بود، اما پایانش را ما رقم زدیم.»
در این بیانیه آمده است: «متعهد می‌شویم که برای خروج آمریکا از منطقه و نابودی اسرائیل به‌عنوان اهداف راهبردی و ثابتمان، لحظه‌ای از پا ننشینیم.»
این بیانیه در حالی منتشر می‌شود که سپاه پاسداران چهارم تیر کشته شدن ۳۰ فرمانده نظامی ارشد جمهوری اسلامی را در جنگ با اسرائیل تایید کرد که در این میان، نام‌هایی چون حسین سلامی، محمد باقری، امیرعلی حاجی‌زاده و غلامعلی رشید به چشم می‌خورند.
عبدالرحیم موسوی، رییس ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی، نیز پنجم تیر گفت: «سران آمریکا از طریق برخی از کشورهای منطقه به التماس افتاده و عملا در برابر اراده جمهوری اسلامی تسلیم شدند.»
او افزود: «بار دیگر به اسرائیل و پشتیبانانش هشدار می‌دهیم که تحرکات آن‌ها را کاملا رصد می‌کنیم و در صورت تکرار هرگونه خطای راهبردی، متجاوزان را به سیاه‌چاله‌های تاریخ خواهیم فرستاد.»
در جریان جنگ با اسرائیل و پس از آن، جمهوری اسلامی موج جدیدی از سرکوب‌های داخلی را آغاز کرده و صدها نفر از شهروندان را با اتهام‌هایی نظیر «جاسوسی» و «نفوذ» بازداشت کرده و در برخی موارد، احکام اعدام آن‌ها را به اجرا گذاشته است.
