هم‌زمان با ادامه اخراج استادان دانشگاه‌ها و اعتراض‌های فراگیر به این اقدام حکومت، رییس شورای اطلاع‌رسانی دولت ابراهیم رئيسی این موضوع را «کذب» خواند و هدف از انتشار اخبار مرتبط با دانشگاه را «هدف‌گذاری دشمن» برای «ملتهب کردن فضای دانشگاه‌ها» دانست.
در ادامه اعتراض‌ها به اخراج استادان، فعالان صنفی-دانشجویی دانشگاه تربیت مدرس با اشاره به حکم اخراج سمیه سیما، استاد این دانشگاه، در بیانیه‌ای نوشتند: تشت رسوایی سیاست‌های ترس‌خورده سرکوبتان از بام فرو افتاده است و زخمی که بر تن دانشگاه می‌زنید، با تعویض نام‌ها پنهان نمی‌شود.
در همین حال دانشجویان دانشکده علوم اجتماعی دانشگاه «علامه طباطبایی» در بیانیه‌ای ضمن اعلام تحریم کلاس‌های میثم مهدیار، او را فاقد «صلاحیت علمی و اخلاقی» معرفی و اعلام کردند در برابر موج تازه «انقلاب فرهنگی» مقاومت خواهند کرد.
در این بیانیه تاکید شده که میثم مهدیار «با پرونده‌سازی علیه استاد محبوب و محذوف» دانشجویان، مهدی خویی، در پی آن بوده است تا در دل صاحبان قدرت جایگاهی برای خود دست و پا کند و جایگزین او شود.
دانشجویان و دانش‌آموختگان دانشگاه فردوسی مشهد هم در اعتراض به تفکیک جنسیتی و سرکوب استادان و دانشجویان دانشگاه، بیانیه‌ای صادر کردند.
در بخشی از این بیانیه آمده است:
«ما دانشجویان و دانش‌آموختگان دانشگاه فردوسی مشهد به شدت موضع خواهیم گرفت در برابر بدطینتی جنون‌آمیزی که دانشگاه را به مغاک انحطاط کشانده و آن را در لبه پرتگاه قرار داده است.»
این دانشجویان و فارغ‌التحصیلان تاکید کردند مانع سقوط دانشگاه به «دره جهل‌زایی و دگرآیینی» خواهند شد.
۱۰۸ تن این بیانیه را امضا کرده‌اند.
هم‌زمان با این اعتراض‌ها اما اخراج استادان همچنان ادامه دارد. طرفداران حکومت، اخراج استادان را با آمریکا و اروپا مقایسه و امری عادی جلوه می‌دهند. برخی دانشگاه‌ها، مقامات سیاسی و نمایندگان مجلس نیز تاکید دارند به‌جای «اخراج» باید از عباراتی مثل «عدم احراز صلاحیت» و «پایان قرارداد» استفاده کرد.
بر اساس گزارش‌های منتشر شده، حسین مفتخری، استاد تمام رشته تاریخ دانشگاه خوارزمی، بیش از هفت ماه است حقوق دریافت نکرده.
این استاد پس از امضای بیانیه‌ای در اعتراض به سرکوب دانشجویان، اجبارا و به صورت غیرقانونی بازنشسته اعلام شده است.
برخی از چهره‌های سیاسی در ایران هم به اخراج استادان اعتراض کرده‌اند. از جمله هادی خامنه‌ای، چهره سیاسی اصلاح‌طلب و برادر رهبر جمهوری اسلامی گفت: «حذف یک استاد تنها برخورد با یک فرد نیست؛ برخورد با تمام جامعه است»
او تاکید کرد: «دانشگاه فقط چند ساختمان و کلاس و میز و صندلی نیست. دانشگاه محل تولید فکر و ایده‌های جدید است که فرهنگ، منطق، راه و رسم خودش را دارد و هر اندیشه‌‌ای باید با دیگر اندیشه‌ها محک بخورد.»
عیسی کلانتری، رییس سابق سازمان محیط زیست نیز اخراج استادان را «نوعی استحاله فرهنگی و دانشگاهی» خواند.
او گفت: «استادان سطح بالا و زبده به اجبار مجبور به ترک دانشگاه‌ها می‌شوند و جایگزین‌های آنها هم افراد غیرمتعارفی هستند که هیچ ربطی به دانشگاه ندارند.»
غلامرضا نوری قزلجه، رییس فراکسیون مستقلین مجلس هم شخص ابراهیم رئیسی را مسوول اخراج استادان از دانشگاه خواند.
مقامات دولت اما اخراج استادان دانشگاه‌ها را انکار می‌کنند.
در همین حال سپهر خلجی، رییس شورای اطلاع رسانی دولت، اخراج استادان را «ادعای کذب» خواند و گفت که در آستانه شروع سال تحصیلی و همچنین سالگرد اعتراضات سال گذشته، «دشمن به صورت طبیعی هدف‌گذاری کرده است تا فضای دانشگاه‌ها را ملتهب کند».
محمدکاظم انبارلویی، عضو شورای مرکزی موتلفه اسلامی نیز گفته است که «این‌همه سر و صدا در مورد به‌اصطلاح اخراج اساتید» درباره «کمتر از ۱۰۰ نفر» است.