علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در حکمی علی شمخانی را به عنوان عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و مشاور سیاسی خود منصوب کرد.
شمخانی پس از ۱۰ سال از دبیری شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی کناره‌گیری کرد و علی‌اکبر احمدیان، رییس مرکز راهبردی سپاه پاسداران جانشین او شد.