با افزایش تنش‌ها میان تهران و باکو، وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان در مورد حضور شهروندان خود در ایران «هشدار سفر» صادر کرد. تیره شدن روابط سیاسی دو کشور در شرایطی است که آذربایجان حمله به سفارتش را «اقدامی تروریستی» و جمهوری اسلامی آن را ناشی از انگیزه شخصی فرد مهاجم می‌داند.
دو روز پس از تخلیه سفارت جمهوری آذربایجان در تهران، دولت باکو خطاب به اتباع خود توصیه کرد تا «با توجه به وضعیت ناپایدار جمهوری اسلامی ایران و اقدام تروریستی انجام شده علیه نمایندگی دیپلماتیک کشورمان»، از سفر به ایران خودداری کنند.
وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان همچنین از شهروندانی که به ایران سفر کرده‌اند خواست تا «نهایت احتیاط» و «ایمنی» را به خرج دهند.
روز نهم بهمن هم وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان اعلام کرده بود کارکنان سفارت این کشور در ایران همراه با خانواده‌هایشان از تهران خارج خواهند شد.
بر همین اساس شامگاه یک‌شنبه هیات دیپلماتیک این کشور از جمله علی علیزاده، سفیر و کارکنان سفارت‌خانه و خانواده‌هایشان با یک هواپیمای مسافربری متعلق به شرکت هواپیمایی جمهوری آذربایجان، ایران را ترک کردند.
این هیات همچنین پیکر اورخان عسگراف، مامور امنیتی کشته شده در حمله مسلحانه روز جمعه را به باکو منتقل کرد.
جمهوری آذربایجان پس از خروج کامل کارکنان سفارت و خانواده‌هایشان از تهران اعلام کرد سفارتش در تهران را «به طور موقت» بسته و هیچ نوع خدماتی ارائه نمی‌کند اما کنسولگری این کشور همچنان در شهر تبریز باز است و فعالیتش ادامه دارد.
هم‌زمان با این که ایهان حاجی‌زاده، سخنگوی وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان تاکید کرد تخلیه سفارتش در تهران به معنای قطع رابطه دیپلماتیک دو کشور نیست، محمدباقر قالیباف، رییس مجلس شورای اسلامی، به باکو هشدار داد که «تصمیم‌های احساسی درباره روابط دو کشور، می‌تواند تبعات بلندمدت نیز داشته باشد».
صبح روز جمعه هفتم بهمن، سفارت جمهوری آذربایجان در تهران هدف حمله‌ای مسلحانه قرار گرفت که بر اثر آن رییس تیم حفاظت این سفارت‌خانه که یک شهروند جمهوری آذربایجان بود کشته و دو نفر دیگر زخمی شدند.
در حالی که نیروی انتظامی جمهوری اسلامی از دستگیری فرد مهاجم خبر داد و انگیزه این حمله را «شخصی» اعلام کرد اما الهام علی‌اف، رییس‌جمهوری آذربایجان گفت که این حمله «یک اقدام تروریستی» بوده است.
همچنین آذربایجان سفیر جمهوری اسلامی در باکو را در اعتراض به این حمله احضار کرد.
پیشتر باکو از به راه افتادن «کمپین‌ها علیه جمهوری آذربایجان» در ایران خبر داده بود و وزارت امور خارجه جمهوری آذربایجان اعلام کرد افزایش کمپین‌های ضد این کشور در ایران، باعث تشویق حملات به مراکز دیپلماتیک جمهوری آذربایجان شده است.
این وزارت‌خانه روز جمعه کمی پس از حمله به سفارت آذربایجان در تهران که یک کشته بر جای گذاشت، اضافه کرد که با وجود تهدیدهای قبلی علیه سفارت این کشور در تهران، جمهوری اسلامی به درخواست‌ها درباره تامین امنیت این سفارت‌خانه حساسیت نشان نداده است.
از سوی دیگر، آبان ماه امسال وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی در اطلاعیه‌ای «عنصر اصلی هدایت و هماهنگ کننده عملیات حمله به حرم شاهچراغ» را تبعه جمهوری آذربایجان معرفی کرده بود که «از فرودگاه بین‌المللی حیدر علی‌اف در باکو پرواز و از مرز هوایی فرودگاه خمینی وارد کشور شده است».
روابط تهران و باکو پیش از حمله به سفارت این کشور نیز به دلیل خشم جمهوری اسلامی از روابط آذربایجان با اسرائیل و حمایت تهران از ارمنستان در درگیری میان این کشور و آذربایجان پرتنش بود و دو کشور بارها از دستگیری جاسوسان یکدیگر در خاک خود خبر داده‌اند.