پس از انتشار گزارش‌هایی درباره عمل جراحی علی خامنه‌ای برای رفع انسداد روده، رسانه‌های ایران خبر دادند که روز شنبه یک مراسم عزاداری به مناسبت اربعین با حضور او برگزار شد.
سایت رهبر جمهوری اسلامی ضمن انتشار تصاویری اعلام کرد که مراسم «عزاداری هیات‌های دانشجویی» با حضور خامنه‌ای برگزار شده است.
در این مراسم، مسعود عالی سخنرانی و میثم مطیعی مداحی کردند. تصاویری نیز از ورود خامنه‌ای به این مراسم و حضور او هنگام سخنرانی و مداحی این دو منتشر شده است.
در چند روز گذشته خبرهایی درباره وضعیت نامناسب جسمی خامنه‌ای منتشر شده است.
در همین حال نیویورک تایمز به نقل از چهار منبع آگاه گزارش داد علی خامنه‌ای هفته گذشته پس از بیماری شدید و وخیم شدن حالش همه جلسات عمومی خود را لغو کرده و پس از عمل جراحی برای رفع انسداد روده، اکنون در بستر بیماری است.
طبق این گزارش، پزشکان رهبر جمهوری اسلامی از ضعف شدید خامنه‌ای و اینکه توان نشستن ندارد، نگران هستند.
با این حال، محمد مرندی، مشاور تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای ایران و فرزند علیرضا مرندی از پزشکان خصوصی خامنه‌ای، در توییتی گزارش نیویورک تایمز را درباره بیماری شدید رهبر جمهوری اسلامی «فاقد هرگونه اعتبار» خواند.
با وجود برنامه قبلی اعلام شده، اعضای مجلس «خبرگان رهبری» برخلاف دوره‌های اخیر در پایان دهمین اجلاس رسمی خود در روز پنجشنبه ۱۷ شهریور با خامنه‌ای دیدار نکردند.
گزارش‌هایی نیز درباره لغو این دیدار منتشر شد اما خبرگزاری تسنیم اعلام کرد که برگزاری این دیدار از ابتدا در برنامه نشست مجلس خبرگان نبوده است.
با توجه به شفاف نبودن اطلاع‌رسانی درباره وضعیت جسمی علی خامنه‌ای، تاکنون بارها شایعاتی درباره وخامت اوضاع جسمی او و حتی مرگش منتشر شده اما هیچ رسانه و سازمان مستقلی قادر به تایید اطلاعات در این زمینه نبوده است.
بر اساس برخی گزارش‌های غیررسمی خامنه‌ای که اکنون ۸۳ ساله است به سرطان پروستات مبتلاست.
اواسط شهریور ۱۳۹۳، به طور رسمی اعلام شد که خامنه‌ای در یکی از بیمارستان‌های دولتی (بیمارستان رجایی)، تحت عمل جراحی پروستات قرار گرفته که بر اساس این گزارش، این عمل با موفقیت انجام شد.
همزمان با گزارش‌ها درباره بیماری خامنه‌ای، گمانه‌زنی‌ها درباره جانشینی او نیز پررنگ‌تر شده است.
در همین حال مجلس «خبرگان رهبری» در ایران در بیانیه پایانی خود در واکنش به گمانه‌زنی‌ها درباره موروثی شدن رهبری و جانشینی مجتبی خامنه‌ای نوشت که «شبهه‌افکنی» درباره آینده رهبری بی‌معناست و سابقه این مجلس «شایسته‌گزینی و انتخاب اصلح» است.
اجلاس مجلس «خبرگان رهبری» یک ماه پس از هشدار میرحسین موسوی، از رهبران اعتراض‌ها به نتایج انتخابات سال ۱۳۸۸ در ایران، درباره جانشینی موروثی رهبری در حکومت جمهوری اسلامی برگزار شد.
این چهره سیاسی که از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی است، در متنی که به عنوان مقدمه ترجمه عربی بیانیه‌های او منتشر شد، با اشاره به گمانه‌زنی‌ها درباره احتمال رسیدن مجتبی خامنه‌ای به مقام رهبر بعدی جمهوری اسلامی نوشت: «زبان‌شان لال! مگر سلسله‌های ۲۵۰۰ ساله بازگشته‌اند که فرزندی پس از پدرش به حکومت برسد؟»