رسانه‌های وابسته به رهبر جمهوری اسلامی و سپاه پاسداران از جمله روزنامه کیهان و جوان و خبرگزاری تسنیم ضمن حمله به مکتوب میرحسین موسوی، درباره سخنان او مبنی بر طرح جانشینی مجتبی خامنه‌ای به جای پدرش و موروثی شدن حکومت سکوت کردند.
روزنامه کیهان در مطلبی در صفحه اول خود میرحسین موسوی را «متوهم و رهبر فرقه فتنه ۸۸» خواند و سخنان او علیه حسین همدانی، از فرماندهان سپاه در سوریه را «حمایت از اسرائیل و داعش» دانست.
این روزنامه نوشت: «ادبیات حاکم بر مطلب وهن‌آلود و سخیف میرحسین موسوی حاکی از وجود بازیگران پشت‌صحنه‌ای است که می‌خواهند از یک‌سو از فتنه‌گران استفاده ابزاری کرده و آنها را به شیپور داعش و اسرائیل در داخل بدل کنند و از سوی دیگر با رادیکالی کردن فضای سیاسی داخل، سرخوردگی عمیقی که در بدنه اجتماعی اصلاح‌طلبان تندرو به وجود آمده را باز‌سازی کنند.»
کیهان در این مطلب در عین حال اشاره‌ای به موضوع موروثی شدن رهبری در جمهوری اسلامی که در نوشته موسوی مطرح شده بود، نکرد.
میرحسین موسوی، از رهبران اعتراض‌ها به نتایج انتخابات سال ۱۳۸۸ در ایران، درمقدمه‌ای بر «ترجمه عربی بیانیه‌های جنبش سبز» نسبت به جانشینی موروثی رهبری در حکومت جمهوری اسلامی هشدار داده و نوشته است : «زبانشان لال! مگر سلسله‌های ۲۵۰۰ ساله بازگشته‌اند که فرزندی پس از پدرش به حکومت برسد؟»
روزنامه جوان، وابسته به سپاه پاسداران نیز در مطلبی ضمن حمله به موسوی به موضوع جانشینی مجتبی خامنه‌ای در بیانیه او اشاره نکرد و تنها از سیاست‌های منطقه‌ای جمهوری اسلامی و حسین همدانی دفاع کرد.
این روزنامه نیز مانند کیهان موسوی را به «همراهی» با داعش و «دنباله‌روی» از آمریکا «برای تضمین امنیت اسرائیل با تخطئه محور مقاومت» متهم کرد.
موسوی در نوشته‌اش به تندی از سیاست‌های منطقه‌ای جمهوری اسلامی انتقاد کرد و همدانی که از دست اندرکاران سرکوب اعتراضات سال ۸۸ بود را «سردار بی‌افتخار» خواند.
خبرگزاری تسنیم، وابسته به سپاه پاسداران، هم ضمن انتشار یادداشت‌ها و مصاحبه‌هایی خواستار موضع گیری محمد خاتمی و دیگر چهره‌های اصلاح‌طلب در مقابل بیانیه موسوی شد.
در این یادداشت‌ها به موضوع جانشینی مجتبی خامنه‌ای اشاره نشده است.
موضوع انتخاب مجتبی خامنه‌ای، فرزند دوم علی خامنه‌ای به عنوان رهبر آینده جمهوری اسلامی بعد از اعتراضات سال ۸۸ به صورت جدی در گمانه‌زنی‌ها مطرح شده است.
او چهره پرنفوذ پشت پرده در جمهوری اسلامی است و گزارش‌هایی از نزدیکی‌اش با سپاه پاسداران و مقام‌های امنیتی بلندپایه همچون حسین طائب، رییس پیشین سازمان اطلاعات سپاه، منتشر شده است.
بسیاری از تحلیلگران و فعالان سیاسی، به ردپای مجتبی خامنه‌ای در برخی تصمیمها و سیاست‌های مهم جمهوری اسلامی اشاره میکنند.
