فریدون عباسی، نماینده فعلی مجلس و رییس اسبق سازمان انرژی اتمی ایران، از محسن فخری‌زاده به عنوان فردی نام برد که «سیستم» دستیابی ایران به سلاح اتمی را برای ایران و نیروهای نیابتی‌اش ایجاد کرد.
او در مصاحبه با روزنامه ایران گفت که بر اساس فتوای رهبر جمهوری اسلامی سلاح اتمی حرام است اما محسن فخری‌زاده «این سیستم را ایجاد کرده بود.»
عباسی درباره هدف فخری‌زاده در این باره افزود: «مساله‌اش هم فقط دفاع از کشور خودمان نبود؛ زیرا کشور ما پشتیبان جبهه مقاومت است.» مقام‌های جمهوری اسلامی از نیروهای نیابتی ایران در منطقه با عنوان «مقاومت» یاد می‌کنند.
عباسی با اشاره به اینکه فخری‌زاده برخی از دست‌اندرکاران برنامه اتمی، از جمله مجید شهریاری، را جذب کرده بود گفت شهریاری پیش از کشته شدنش نرم‌افزار محاسباتی برای غنی سازی اورانیوم ۲۰ درصد را طراحی کرده بود.
فریدون عباسی هشتم آذر ۸۹ و همزمان با مجید شهریاری هدف سوء قصد قرار گرفت و ۲۶ بهمن همان سال با حکم محمود احمدی‌نژاد به ریاست سازمان انرژی اتمی منصوب شد.
او در مصاحبه با روزنامه ایران گفت که در زمان ریاستش بر سازمان انرژی اتمی، با کمک فخری‌زاده بسته‌های سوخت ۲۰ درصد تولید شد.
عباسی درباره ترور فخری‌زاده نیز گفت که او مقاله‌ای منتشر نمی‌کرد و به همین دلیل برای ترور کنندگان «حکم یک جعبه‌سیاه » را داشت.
محسن فخری‌زاده، معاون وزیر دفاع و از دست اندرکاران برنامه اتمی و موشکی جمهوری اسلامی، هفتم آذر ۹۹ ترور شد.