محمدرضا عارف، معاون اول مسعود پزشکیان در پیامی نوشت که کشتن هنیه «مبتنی بر اهدافی شوم از جمله بحرانآفرینی جدید در سطح منطقه» است.
او «هدف از این ترور» را «به چالش کشیدن مناسبات منطقهای و بینالمللی جمهوری اسلامی در این مقطع زمانی به ویژه در آغاز به کار دولت وفاق ملی» خواند.
علی خامنهای، رهبر جمهوری اسلامی در پیامی گفت اسرائیل با کشتن اسماعیل هنیه «زمینه مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت».
او گفت جمهوری اسلامی «خونخواهی» هنیه را که در حریم ایران کشته شده است، «وظیفه خود میداند».
خامنهای، هنیه را «مهمانی عزیز» خواند که در «خانه» جمهوری اسلامی کشته شد و داغدارش کرد.
