روابط عمومی وزارت lمور خارجه جمهوری اسلامی در اطلاعیه‌ای اعلام کرد تغییری در مدیریت پرونده هسته‌ای ایران ایجاد نشده و این وزارتخانه همچنان مسئولیت مذاکرات در این زمینه را بر عهده دارد. پیش‌تر دو رسانه وابسته به دولت پزشکیان، شمخانی را مسئول پرونده هسته‌ای تهران معرفی کرده بودند.
در اطلاعیه روابط عمومی وزارت امور خارجه که سه‌شنبه ۱۶ بهمن منتشر شد، آمده است: «مسئولیت انجام گفت‌وگوها و مذاکرات در موضوع هسته‌ای همچون گذشته بر عهده وزارت امور خارجه است و این امر تحت مدیریت وزیر محترم توسط معاونت‌های سیاسی و حقوقی بین‌المللی انجام می‌شود.»
بر اساس این اطلاعیه، شورای عالی امنیت ملی همچنان مسئول «تعیین راهبرد مذاکراتی و انجام هماهنگی بین دستگاه‌های ذی‌ربط» در خصوص پرونده هسته‌ای جمهوری اسلامی است.
پایگاه اطلاع‌رسانی دولت: علی شمخانی مسئول پرونده هسته‌ای ایران است
مرکز اطلاع‌رسانی دولت و ایرنا، خبرگزاری رسمی دولت جمهوری اسلامی، بامداد ۱۶ بهمن در گزارش‌های جداگانه‌ای درباره بازدید علی شمخانی از نمایشگاهی هسته‌ای در سازمان انرژی اتمی ایران، از او به عنوان مسئول پرونده هسته‌ای جمهوری اسلامی نام بردند؛ مسئولیتی تازه برای شمخانی که تاکنون به صورت رسمی اعلام نشده بود.
در گزارش مرکز اطلاع‌رسانی دولت به نقل از مرکز اطلاع‌رسانی سازمان انرژی اتمی گفته شده شمخانی در این دیدار بر «اهمیت توسعه فن‌آوری هسته‌ای در کشور» تاکید کرده است.
بر اساس این گزارش، شمخانی به آن‌چه شفافیت برنامه هسته‌ای ایران و پایبندی جمهوری اسلامی بر تعهدات بین‌المللی خوانده، اشاره کرده و گفته است: «ایران هیچ‌گاه به دنبال سلاح هسته‌ای نبوده و نخواهد بود اما از حقوق قانونی خود در ابعاد سیاسی و فنی با تمام توان دفاع می‌کند.»
حدود یک هفته پس از کشته شدن ابراهیم رئیسی، رییس دولت سیزدهم جمهوری اسلامی در سقوط بالگرد، یک خبرنگار در مطلبی در شبکه ایکس نوشت مسئولیت پرونده مذاکرات هسته‌ای به شمخانی سپرده شده اما این نخستین بار است که پایگاه اطلاع‌رسانی رسمی دولت تایید می‌کند او مسئول این پرونده است.
تابناک در هفتم خرداد ۱۴۰۳، بر اساس همان گمانه‌زنی‌ها، گزارش داده بود مسئولیت پرونده هسته‌ای از اواخر اسفند ۱۴۰۲ به شمخانی سپرده شده اما وزارت امور خارجه همچنان در حوزه دیپلماسی این پرونده را پیش می‌برد.
این گزارش با واکنش علی باقری کنی، سرپرست وقت وزارت امور خارجه مواجه شد. او هشتم خرداد اعلام کرد فعالیت‌های هسته‌ای در ایران زیر نظر شورای عالی امنیت ملی پی گرفته می‌شود.
مسئولیت مذاکرات مربوط به پرونده هسته‌ای جمهوری اسلامی در پی روی کارآمدن رئیسی، در آذر ۱۴۰۰ به باقری کنی، معاون سیاسی وزارت امور خارجه سپرده شد.
شمخانی پس از روی کار آمدن دولت سیزدهم و برکناری از دبیری شورای عالی امنیت ملی، از جلسات کمیته مدیریت هسته‌ای که در اواخر دوره دوم ریاست‌جمهوری حسن روحانی شکل گرفته بود، کنار گذاشته شد.
ناصر کنعانی، سخنگوی وقت وزارت امور خارجه، همان روزها در پاسخ به پرسشی درباره تغییر تیم مذاکرهکننده هسته‌ای گفت بنای وزارت امور خارجه پاسخگویی به «شایعات فضای مجازی و اخبار غیر معتبر» نیست.
او هفتم خرداد در پاسخ به سوال خبرنگاری درباره اخبار غیررسمی سپرده شدن مذاکرات پرونده هسته‌ای جمهوری اسلامی به شمخانی گفت: «در مورد این موضوع نکته خاصی برای بیان کردن ندارم. هیات مذاکرهکننده ایران در مذاکرات رفع تحریم‌ها، با هماهنگی و با اشراف نهادهای عالی بالادستی نظام، این مذاکرات را پیش برده و در این چارچوب از همه ظرفیت‌های درون حاکمیت استفاده شده است.»
آن زمان، بسیاری از رسانه‌های داخلی این پاسخ دو پهلوی سخنگوی وزارت امور خارجه را تایید تلویحی این ماجرا ارزیابی کردند. برخی رسانه‌ها هم این تغییر را واکنشی به مرگ رئیسی و حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه او در ماجرای سقوط بالگرد دانستند و آن را «تغییر رویه کم‌سابقه» ارزیابی کردند.
شمخانی خود تا ۱۶ آذر سال جاری درباه این گمانه‌زنی‌ها اظهار نظری نداشت. او در این روز در نشستی با دانشجویان بسیجی در پاسخ به پرسشی درباره برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی گفت که هنوز مسئول پرونده هسته‌ای ایران است.
