وزارت امور خارجه آمریکا در پاسخ کتبی خود به ایران‌اینترنشنال اعلام کرد جمهوری اسلامی حداقل از سال ۲۰۰۹ به القاعده اجازه داده تا فعالیت‌های تروریستی خود را از راه یک خط ارتباطی کلیدی از طریق ایران تسهیل و بودجه و جنگجویان خود را به جنوب آسیا، سوریه و نقاط دیگر منتقل کند.
وزارت امور خارجه آمریکا در پاسخ به پرسش ایران‌اینترنشنال تاکید کرد جمهوری اسلامی همچنان به ارائه پناهگاه امن به رهبران ارشد القاعده در خاک ایران ادامه می‌دهد.
وزارت امور خارجه آمریکا افزود: «جمهوری اسلامی به رغم اطلاع از فعالیت‌های رهبران القاعده در خاک ایران، همچنان حضور القاعده در این کشور را انکار می‌کند.»
در پاسخ وزارت امور خارجه آمریکا به پرسش ایران‌اینترنشنال تاکید شده است جمهوری اسلامی محرک اصلی بی‌ثباتی در سراسر خاورمیانه است و از سال ۱۳۵۷ تا کنون چنین بوده است.
به گفته وزارت امور خارجه آمریکا، جمهوری اسلامی «حامی اصلی تروریسم» است و طیف گسترده‌ای از «فعالیت‌های تروریستی و سایر فعالیت‌های غیرقانونی» را در سراسر جهان، در بحرین، عراق، لبنان، سوریه و یمن، «از طریق گروه‌های شبه نظامی و تروریست‌هایی مانند حزب‌الله و حماس»، تسهیل می‌کند.
شورای امنیت سازمان ملل متحد روز ۱۲ بهمن امسال اعلام کرد شبکه القاعده هشت اردوگاه آموزشی تازه در افغانستان تاسیس کرده است و افراد رابط میان سیف‌العدل، رهبر القاعده که در ایران مستقر است و عبدالرحمن الغامدی، چهره کلیدی این شبکه در افغانستان در حال رفت و آمد هستند.
در گزارش کمیته تحریم‌های شورای امنیت سازمان ملل متحد تاکید شده است شبکه القاعده خانه‌هایی امن در ایران و افغانستان دارد و اعضایش بین این دو کشور در حال تردد هستند.
سازمان ملل متحد پیش از این نیز در گزارشی که در فوریه سال ۲۰۲۳ منتشر شد، اعلام کرد پس از کشته شدن ایمن الظواهری در کابل در سال ۲۰۲۲، سیف العدل رهبری گروه القاعده را به عهده گرفته است و تصور می‌شود که او در ایران مستقر است.
وزارت امور خارجه آمریکا نیز به طور جداگانه تایید کرد سیف العدل در ایران مستقر است.
چند روز پس از آن، نمایندگی جمهوری اسلامی در سازمان ملل گزارش‌ها درباره حضور رهبر جدید «گروه تروریستی القاعده» در ایران را رد کرد و حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه جمهوری اسلامی حضور رهبران القاعده در خاک ایران را «خنده‌آور» خواند.
این در حالی است که روزنامه نیویورک تایمز در روز ۱۳ نوامبر ۲۰۲۰ گزارش داد ماموران اسرائیلی حدود سه ماه قبل از این تاریخ، عبدالله احمد عبدالله معروف به ابومحمد المصری، معاون ایمن الضواهری، رهبر وقت القاعده را در خیابانی در شمال تهران به قتل رساندند.
سیف‌العدل و ابو محمد المصری، هر دو اهل مصر و از ارشدترین رهبران القاعده بودند که گزارش شده بود پس از تبادل زندانیان در سال ۲۰۱۵، اگرچه از زندانی در ایران آزاد شدند اما همچنان در ایران ماندند و از داخل خاک ایران به فعالیت‌های خود در رهبری شبکه القاعده ادامه دادند.
یک روز پس از انتشار گزارش نیویورک تایمز، خبرگزاری آسوشیتدپرس به نقل از چهار مقام کنونی و سابق آمریکایی گزارش داد که آمریکا اطلاعات مربوط به محل زندگی و نام مورد استفاده المصری در تهران را در اختیار اسرائیل گذاشته است.
بر اساس این گزارش‌ها، المصری در ۱۷ مرداد ۱۳۹۹ در منطقه پاسداران تهران، همراه دخترش مریم ترور شد.
در آن زمان هم رهبران جمهوری اسلامی هر گونه حضور اعضای القاعده در خاک ایران را تکذیب کردند.
علی‌رغم این تکذیب‌های مکرر، در بیش از یک دهه گذشته گزارش‌های متعددی از حضور رهبران ارشد القاعده یا اعضای خانواده اسامه بن لادن در ایران منتشر شده است.
آمریکا از سال ۱۳۹۰ به این سو، از رابطه جمهوری اسلامی و القاعده و حضور رهبران این شبکه در ایران سخن گفته است. گذشته از آن، هر از گاهی گزارش‌هایی در این زمینه در رسانه‌ها منتشر شده است. به عنوان نمونه، در اوایل ژانویه ۲۰۱۰ (زمستان ۱۳۸۸) گزارش شد ایمان بن لادن، دختر ۱۷ ساله اسامه بن لادن با فرار از دست ماموران محافظ خود، به سفارت عربستان سعودی در تهران پناهنده شده است.
روزنامه واشینگتن پست در اسفند ماه ۱۳۹۱ از اخراج سلیمان ابوغیث، داماد اسامه بن لادن و سخنگوی پیشین شبکه القاعده از ایران خبر داد و نوشت او سومین شخصیت القاعده است که در یک سال گذشته از ایران اخراج شده است.