افشای نامه‌ای محرمانه از سوی رییس دفتر علی خامنه‌ای به رییس مجلس نشان می‌دهد که محمد محمدی گلپایگانی خواستار افزایش بودجه مراکز وابسته به این نهاد و بودجه مرکز خدمات حوزه‌های علمیه شده است.
محمد محمدی گلپایگانی در این نامه که گروه هکری «قیام تا سرنگونی» وابسته به سازمان مجاهدین خلق آن را منتشر کرده و به تاریخ ۱۸ بهمن ۱۴۰۱ است، خواستار افزایش بودجه مرکز خدمات حوزه‌های علمیه «متناسب با افزایش سطح عمومی قیمت‌ها» شده است.
او از محمدباقر قالیباف خواسته در لایحه بودجه سال ۱۴۰۲ خورشیدی مبلغ ۱۰۰ میلیارد تومان نیز به صندوق ودیعه مسکن طلاب خارجی جامعه‌المصطفی کمک شود.
محمدی گلپایگانی خواستار افزایش بودجه کمک به «آستان‌های مقدس» از ۳۰ میلیارد تومان به ۸۰ میلیارد تومان شده است. این آستان‌ها به آرامگاه‌های شخصیت‌های برجسته شیعه همچون امام هشتم شیعیان در مشهد اشاره دارد.
افزایش ۱۰۰ میلیارد تومان به صندوق «بلاغ جهت حمایت از مبلغین بومی» دیگر خواسته مطرح شده در این نامه است.
رییس دفتر رهبر جمهوری اسلامی در این نامه نوشته کمک به برخی از موسسات وابسته به دفتر خامنه‌ای تحت عنوان «کمک به نهادهای آموزشی و فرهنگی» ذیل بودجه سازمان تبلیغات اسلامی پیش‌بینی شده است.
بر اساس این نامه محرمانه، او از محمدباقر قالیباف خواسته ضمن در نظر گرفتن ردیف مستقل ذیل ردیف بودجه سازمان تبلیغات این بودجه دست‌کم به ۱۰۰ میلیارد تومان افزایش یابد.
در این نامه همچنین درخواست شده که بودجه «حمایت از مدارس دینی و کمک به معیشت روحانیون اهل سنت» ۱۰۰ درصد افزایش یابد.
محمدی گلپایگانی دلیل این درخواست را «تقویت برنامه‌های شورای نمایندگان مناطق قومی» ذکر کرده است.
در سال‌های گذشته افشای بودجه چند هزار میلیارد تومانی حوزه‌های علمیه جنجال‌برانگیر شده است.
از جمله گروه «قیام تا سرنگونی» در افشای اسناد هک سامانه ریاست‌جمهوری در خرداد ۱۴۰۲، نامه یک مقام سازمان برنامه و بودجه را منتشر کرد که نشان می‌داد بودجه مرکز خدمات حوزه علمیه در سال گذشته ۹۶ درصد افزایش یافته و صرف مواردی از جمله مستمری روحانیون سالخورده و کمک معیشت بازنشستگی طلاب شده است.
این بودجه‌ها اعتراضات گسترده‌ای را به دنبال داشته است.
از جمله مولوی عبدالحمید، بخش عمده خطبه‌های نماز جمعه ۱۲ خرداد خود را به انتقاد از سکوت حوزه‌های علمیه اختصاص داد و گفت بودجه‌های نجومی که از سوی حکومت به بخش مذهبی تزریق شده، «علما» و «ملاها» را غیرمستقل کرده است.
