وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی اعلام کرد که پس از حمله به شاهچراغ، ۲۶ نفر با «ملیت‌های جمهوری آذربایجان، تاجیکستان و افغانستان» را به اتهام‌هایی در رابطه با این حمله و تلاش برای «عملیات مشابه» بازداشت کرده است.
وزارت اطلاعات روز دوشنبه ۱۶ آبان در بیانیه‌ای نوشت که این افراد «در استان‌های فارس، تهران، البرز، کرمان، قم و خراسان رضوی» و همچنین «در مرزهای شرقی و هنگام فرار از کشور» بازداشت شدند.
این وزارتخانه عامل حمله به شاهچراغ را فردی به نام «سبحان کُمرونی» با نام مستعار«ابوعایشه» و از اتباع تاجیکستان معرفی کرد و از فردی افغانستانی به نام «محمد رامز رشیدی» با عنوان «عنصر پشتیبانی کننده» عملیات نام برد.
پیشتر اسماعیل محبی، معاون سیاسی، امنیتی و اجتماعی استانداری فارس، از مرگ «عامل حمله به حرم شاهچراغ» که زخمی و در یکی از بیمارستان‌های شیراز بستری شده بود، خبر داده است.
در بیانیه وزارت اطلاعات، از یک فرد تبعه جمهوری آذربایجان به عنوان «عنصر اصلی هدایت و هماهنگ‌کننده» حمله به شاهچراغ در داخل ایران نام برده شده که «از فرودگاه بین‌المللی حیدرعلی‌اف در باکو پرواز و از مرز هوایی فرودگاه خمینی وارد کشور شد.»
این بیانیه اضافه می‌کند: «این فرد پس از رسیدن به تهران خبر حضور خود را به عنصر هماهنگ‌کننده در جمهوری آذربایجان اعلام کرد و بلافاصله از طریق سرپل عملیاتی داعش در افغانستان با شبکه اتباع خارجی داعش نیز ارتباط گرفته و حضور خود در تهران را به اطلاع آن‌ها رسانده است.»
این ادعای وزارت اطلاعات از سوی هیچ منابع مستقل قابل تایید نیست و هنوز جمهوری آذربایجان به این ادعا واکنشی نشان نداده است.
مقام‌های جمهوری اسلامی از کشته شدن حداقل ۱۵ نفر در یک حمله مسلحانه به «حرم شاهچراغ» در شیراز خبر دادند و از همان ابتدا این حمله را به گروه‌های «تکفیری» منسوب کردند.
با این حال، در ساعات اول پس از این حمله، خبرهای متناقضی درباره تعداد مهاجمان و نحوه این حمله منتشر شد.
داعش با انتشار بیانیه‌ای در کانال تلگرامی خود مسئولیت حمله به «حرم شاهچراغ» شیراز را بر عهده گرفت، اما برخی روایت جمهوری اسلامی از این حمله را زیر سوال بردند.
علی کریمی، ستاره سابق فوتبال ایران در واکنش به حادثه شاهچراغ با انتشار یک استوری در حساب اینستاگرامش واکنش نشان داد و خطاب به سران جمهوری اسلامی نوشت: «آنچه در شاهچراغ اتفاق افتاد یک جنایت بود. اگر داخلی بود، قاتل‌اید. اگر خارجی بود، نا لایق هستید.»
او خطاب به مقام‌های جمهوری اسلامی تاکید کرد: «از خیابان تا زندان، ا زدانشگاه تاحرم، فراموش نمی‌کنیم چه بر سر ما آورده‌اید.»
همچنین سجاد گنچ‌زاده، قهرمان کاراته المپیک با انتشار یک استوری در حساب اینستاگرامش با مردم شیراز ابراز همدردی کرد و نوشت: «لعنت خدا بر بانیان و عاملان پیدا و پنهان این جنایت باد.»
وزارت اطلاعات در بیانیه خود، اتهام دست داشتن جمهوری اسلامی در این حمله را رد کرده و در این باره نوشته است: «کسانی که آن جنایت وحشیانه و بی‌سابقه را به جامعه اطلاعاتی کشور منتسب کرده‌اند، در واقع نقش مکمل عملیات تروریستی و جنگ روانی داعش را ایفا نموده‌اند.»
رد احتمال دست داشتن جمهوری اسلامی در این حمله از سوی وزارت اطلاعات در حالی است که جمهوری اسلامی با تبلیغات گسترده درباره این حمله، تلاش کرد تا خیزش مردمی علیه خود را تحت الشعاع آن قرار دهد.
علی خامنه‌ای بدون اشاره به کشتار شهروندان و کودکانی که در خیزش انقلابی علیه جمهوری اسلامی با گلوله ماموران امنیتی حکومت جانشان را از دست دادند، مرگ یک طلبه «حزب‌اللهی» در تهران و کودکان در حادثه شاهچراغ شیراز را «غم و جنایت بزرگ» خوانده است.
همچنین ابراهیم رئیسی پس از این حمله، خیزش انقلابی در ایران را زمینه‌ساز حمله دانست.
