پرونده کشته شدن نیکا شاکرمی، نوجوان ۱۶ ساله، همچنان با ابهامات زیادی روبه‌روست و حساسیت ویژه افکار عمومی به آن، باقی و بر جا. بر مبنای گزارش‌های رسیده به ایران‌اینترنشنال، خانواده شاکرمی برای اعتراف اجباری زیر فشار و تهدیدهای امنیتی هستند.
بستگان نیکا شاکرمی تهدید شده‌اند که باید در مصاحبه با رسانه‌های حکومتی تایید کنند که او در تظاهرات حضور نداشته و از بالای یک ساختمان سقوط کرده؛ در غیر این صورت خاله او (آتش شاکرمی) و دایی او هم قربانی خواهند شد.
این دو عضو خانواده شاکرمی در جریان اطلاع‌رسانی درباره مراسم خاکسپاری او و در روز خاکسپاری‌‌اش، بازداشت شدند.
علی صالحی، دادستان تهران، شامگاه دوشنبه ۱۱ مهر از تشکیل پرونده قضایی در دادسرای جرایم جنایی برای بررسی علت فوت نیکا شاکرمی خبر داد و گفت: «دستور بررسی پرونده صادر و اقدامات لازم در این رابطه در حال انجام است.»
کمی قبل از آن، خبرگزاری تسنیم، وابسته به سپاه پاسداران گزارش داد که هشت نفر در رابطه با جان باختن نیکا شاکرمی بازداشت شده‌اند.
این خبرگزاری درباره بازداشت‌شدگان نوشت که آنان به‌عنوان کارگر داخل یک ساختمان که کاربری تجاری (تولیدی پوشاک) و مسکونی دارد، حضور داشتند.
رسانه‌های حکومتی مدعی شده‌اند نیکا شاکرمی ساعت ۲۲ شب ۲۹ شهریور زنگ یک خانه در خیابان لبافی چهارراه امیراکرم در منطقه انقلاب را زده و و پس از باز شدن در خانه، وارد ساختمان شده است.
بر اساس این روایت، روز سی‌ام شهریور، وجود پیکر بی‌جان این دختر در حیاط خلوت این خانه به پلیس گزارش داده شد.
گزارش‌های مستقل اما حاکی از آن است که پیکر نیکا در حالی تحویل خانواده‌اش شد که صورتش بر اثر ضربات باتوم، لِه شده و از بین رفته بوده است.
یک منبع آگاه پیشتر به رادیو زمانه گفته است نیکا شاکرمی سه‌شنبه شب ۲۹ شهریور، در تقاطع بلوار کشاورز و خیابان ۱۶ آذر در میان اعتراض‌ها دیده شده است.
به نقل از دوستان نیکا، او آخرین بار در حال فرار از دست ماموران امنیتی دیده شده.
بر اساس گزارش‌ها، بعد از ۱۰ روز بی‌خبری و اعلام مفقودی، خانواده با پیکر بی‌جان این دختر جوان در کهریزک روبه‌رو می‌شوند اما به خانواده فقط اجازه دیدن صورت او را داده‌اند.
همچنین بنا بر گزارش‌ها پیکر او را از غسال‌خانه «دزدیدند» و در «قبرستان روستای ویسیان» در استان لرستان، بدون حضور بستگان و نزدیکانش به خاک سپردند.
نیکا شاکرمی در حالی به خاک سپرده شد که بر اساس تصاویر ضبط شده در روز ۱۱ مهر در قبرستان صالحین خرم‌آباد، تعدادی از حاضران در مراسم نیکا شاکرمی با تیر ساچمه‌ای زخمی شده‌اند.