محمدباقر بختیار، از فرماندهان ارشد سپاه پاسداران در دوره جنگ ایران و عراق اعلام کرد بر اساس اطلاعات رسیده به او از نتایج بررسی‌های پزشکی قانونی، مهسا امینی به دلیل ضربات به جمجمه سرش به کما رفته و جان باخته است.
به گفته بختیار، بر اساس بررسی پزشکی قانونی، طحال آسیب‌دیده مهسا امینی پس از انتقالش به بیمارستان کسری به دلیل خونریزی داخلی از بدنش خارج شده تا وضعیت بهتری پیدا کند اما او به دلیل آسیب‌های وارد شده به جمجمه به کما رفته است.
بختیار گفت که «این اطلاعات به وسیله انسان‌های با وجدان» از داخل سیستم به بیرون درز کرده است.
او قتل مهسا امینی را با قتل زهرا کاظمی، عکاس-روزنامه‌نگار و همچنین ستار بهشتی، وبلاگ‌نویس، در بازداشتگاه و همچنین «جنایات» بازداشتگاه کهریزک مقایسه کرده است.
روز چهارشنبه ششم شهریور نیز گروه هکری «عدالت علی» نامه علی امرائی، دادیار شعبه پنج دادسرای ناحیه ۳۸ به «دکتر محسن‌پور»، سرپرست این دادسرا را منتشر کرد که بر اساس آن به نقل از شاهدان اعلام شده سر مهسا امینی هنگام بازداشت با جدول برخورد کرده است.
بر اساس این نامه، بازرسی نیروی انتظامی از رانندگان تاکسی و نگهبانان پارک طالقانی و کسبه سوال کرده و آنان گفته‌اند که مهسا امینی در حین انتقال به ون «مقاومت» کرده و بر «اثر کشمکش ایجاد شده، سرش به جدول برخورد کرده» است.
دادیار شعبه پنج دادسرای ناحیه ۳۸ تهران همچنین در این نامه به سخنان یکی از دختران همراه مهسا امینی در ون اشاره کرده است.
به گفته این دختر، مهسا امینی «از ضربه وارد آمده به سر و همچنین خونریزی از ناحیه سر ابراز ناراحتی» کرده و «دائما شیون می‌کرده» و تقاضای دریافت موبایل خود را داشته اما ماموران به او توجهی نشان نداده‌اند.
در این نامه نقش ماموران گشت ارشاد در ایجاد جرح عمدی علیه مهسا امینی مسکوت گذاشته شده است و به نظر می‌رسد ماموران خواسته‌اند در گزارش عملکرد به مافوق، ماجرا را به یک حادثه ناشی از کشمکش تقلیل دهند.
تصاویر اختصاصی از سی‌تی‌اسکن مهسا امینی که پیش از این از سوی ایران‌اینترنشنال منتشر شد نیز نشانگر شکستگی جمجمه در سمت راست سر او در اثر عوارض ناشی از ضربه مستقیم به جمجمه بود.
این تصاویر همچنین نشانگر وجود ترشحات و خون در ریه او بود.
به گفته پزشکان، تجمع مایعات در ریه، ناشی از ورود به کما در پی ضربه سنگین به سر مهسا امینی بوده است.
خبرگزاری فارس وابسته به سپاه پاسداران نیز اصالت تصاویر افشا شده از سی‌تی‌اسکن مهسا امینی در ایران‌اینترنشنال را تایید کرد و نوشت که پیگیری‌های خبرنگارش از «مراجع ذیربط» نشان می‌دهد این عکس‌ها مربوط به اوست.
ایران‌اینترنشنال همچنین روز ۲۹ شهریور به نقل از یک منبع مطلع قضایی جمهوری اسلامی خبر داده بود یکی از دوربین‌های مشرف به محل بازداشت مهسا امینی که ضرب و جرح او را در نزدیکی ایستگاه مترو ضبط کرده، با دستور دادستان تهران از جا کنده شده و در اختیار قوه قضاییه است.
با این حال، مقام‌های جمهوری اسلامی به صورت رسمی منکر هر نوع آسیب به مهسا امینی شده‌اند.
از جمله حسین اشتری، فرمانده کل انتظامی پیشتر گفته بود که مهسا در ون گشت ارشاد با دیگران شوخی هم کرده است.