پس از انتشار گزارشی در شبکه بی‌بی سی انگلیسی مبنی بر نقش محمد خاتمی در صدور فتوای قتل سلمان رشدی از سوی روح‌الله خمینی، محمدعلی ابطحی در اینستاگرام نوشت خاتمی این خبر را تکذیب کرده است. ابطحی به نقش علی‌اکبر محتشمی‌پور، وزیر کشور وقت در صدور این فتوا اشاره کرد.
بر اساس گزارش شبکه بی بی سی، کلیم صدیقی، روحانی سنی حامی جمهوری اسلامی در بریتانیا، اعلام کرده بود که دیدار او با محمد خاتمی، وزیر ارشاد وقت دولت میرحسین موسوی و اطلاع او از ماجرای کتاب «آیات شیطانی»، باعث صدور فتوای قتل سلمان رشدی از سوی روح الله خمینی شده است.
بر اساس این گزارش، خاتمی پس از این دیدار به نزد روح الله خمینی رفته و چند ساعت بعد فتوای قتل سلمان رشدی صادر شده است.
همچنین به گفته یاسمین علی‌بای-براون، روزنامه نگار، کلیم صدیقی به او گفته بود که «برخی از آیت‌الله‌ها حتی کتاب را نخوانده بودند.»
همچنین بر اساس گزارش کانال تلگرامی «جامعه نو»، پیش از صدور فتوای قتل سلمان رشدی توسط روح الله خمینی، متن فارسی این کتاب در ایران وجود نداشته و پس از صدور فتوا با دستور محمود دعایی، سرپرست موسسه اطلاعات، فورا ترجمه شده است.
بر اساس گزارش اخیر بی بی سی و مستندی که سال ۲۰۰۹ میلادی توسط این شبکه پخش شده، کلیم صدیقی و غیاث‌الدین صدیقی برای شرکت در مراسم دهمین سالگرد انقلاب ۵۷ و در بهمن ۶۷ به تهران سفر کرده بودند و در حال بازگشت به بریتانیا بودند که خاتمی در فرودگاه خواستار صحبت خصوصی با کلیم صدیقی شد.
فتوای قتل سلمان رشدی از سوی روح الله خمینی در ۲۵ بهمن ۶۷ صادر شده است.
کلیم و غیاث‌الدین تنها نام خانودگیشان شبیه بود و نسبت فامیلی با هم نداشتند. کلیم صدیقی بعدها گفت که فکر می کند تا حدودی در صدور این حکم مسئول بوده و به آن افتخار می کند.
کلیم در سال ۱۹۹۶ میلادی درگذشت و غیاث‌الدین هنوز زنده است، اما حالش خوب نیست. عاصم پسر غیاث الدین اما گفته که هیچ مدرکی درباره اینکه نظرات کلیم به رهبر جمهوری اسلامی منتقل شده و این نظرات در صدور فتوا نقش داشته، وجود ندارد.
سخنان خاتمی در سال ۶۹: کتاب سلمان رشدی یک توطئه سیاسی و ضد امنیتی است
محمد خاتمی روابط نزدیکی با روح الله خمینی داشت و همسر او و همسر احمد خمینی دخترخاله بودند. همچنین به گفته مقام‌های جمهوری اسلامی، خاتمی برخی از پیام‌های مرتبط با رهبر سابق جمهوری اسلامی را نوشته که از جمله آنها اطلاعیه فوت روح الله خمینی، با عنوان «روح خدا، به خدا پیوست» بوده است.
خاتمی همچنین سال ۶۸ در سمینار «توطئه کتاب آیات شیطانی» صدور حکم قتل سلمان رشدی را «فرمان مرگ استکبار» خوانده بود. او گفته بود که «سربازان گمنام خمینی» در سراسر دنیا «حکم قتل سلمان رشدی را زنده نگه خواهند داشت.»
خاتمی همچنین تاکید کرده بود که انتشار کتاب «آیات شیطانی» یک حرکت «فرهنگی نیست بلکه یک توطئه سیاسی و ضد امنیتی است و برخورد مناسب با آن را می‌طلبد.»
وزیر ارشاد دولت میرحسین موسوی گفته بود که حکم روح الله خمینی برای قتل سلمان رشدی باید «به خواست خداوند و به همت فرزندان غیور اسلام اجرا شود.»
خاتمی حمله اخیر به سلمان رشدی را محکوم نکرده است
او در دوره ریاست جمهوری خود در اولین سفرش به سازمان ملل گفته بود که باید «مساله سلمان رشدی را تمام شده تلقی کنیم.»
علی اکبر ناطق نوری، نامزد رقیب محمد خاتمی نیز در دوره انتخابات ریاست جمهوری اعلام کرده بود که جمهوری اسلامی برای قتل سلمان رشدی، کماندو به بریتانیا نخواهد فرستاد. این سخنان ناطق نوری با اعتراض برخی از حامیان خاتمی مواجه شد.
ترجمه کتاب توسط موسسه اطلاعات پس از صدور فتوای قتل سلمان رشدی
پیش از صدور فتوای قتل سلمان رشدی توسط روح الله خمینی اعتراض‌هایی در هند، پاکستان و بریتانیا رخ داده بود.
با این حال گزارش‌هایی مبنی بر این وجود دارد که روح الله خمینی این کتاب را پیش از صدور فتوا نخوانده بود. از جمله کانال «جامعه نو» نوشت که این کتاب پس از صدور فتوای آیت‌الله خمینی با دستور محمود دعایی و به سرعت توسط موسسه اطلاعات ترجمه شده است.
بر اساس این گزارش، عطاالله مهاجرانی پس از ترجمه این کتاب «فرصت آگاهی از متن گسیخته داستان پر دردسر را می‌یافت تا نقدی بر آن بنویسد و به جامعه علامت دهد اگر نه چاپ شده، حداقل دست‌نویسی از ترجمه آن وجود داشته تا بر مبنای آن بتوان فتوا صادر کرد.»
مهاجرانی نیز پس از حمله به سلمان رشدی در توییت‌هایی نوشت که پس از فتوای روح الله خمینی، از حسين شيخ الاسلام از مقام‌های وزارت خارجه خواسته که كتاب سلمان رشدی به زبان انگلیسی را برايش تهيه كند و دو روز بعد کتاب به دستش رسیده است.
در دهه ۶۰ محمد خاتمی علاوه بر وزارت ارشاد با حکم روح الله خمینی سرپرست موسسه کیهان و محمود دعایی سرپرست موسسه اطلاعات بود. مهاجرانی نیز معاون پارلمان رییس جمهور بود و در اطلاعات مقاله می نوشت.
مهاجرانی پس از صدور فتوای قتل سلمان رشدی، در ۴۰ روز کتاب «توطئه آیات شیطانی» را در دفاع از این فتوا نوشت.
مهاجرانی نوشت: «سلمان رشدی با توجه به اقرار آشکارش در کتاب «لبخند یوزپلنگ» که خود را کافر خوانده است و با توجه به اهانت و استهزا باورهای مسلمانان ... مرتد و سآب رسول‌الله است؛ یعنی سب‌کننده و دشنام‌گویی نسبت به پیامبر اسلام و قرآن و ... است ... اهانت‌ها و استهزا و هتاکی او از روی قصد و اختیار صورت گرفته ... و او مرتد فطری است.»
او در عین حال سال ۸۹ در مصاحبه‌ای با شبکه العربیه گفت با کشتن نویسنده به خاطر نوشتش مخالف است.
عطاءالله مهاجرانی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در دولت اول محمد خاتمی که وادار به استعفا شد و اکنون در بریتانیا زندگی می‌کند نیز پس از حمله به سلمان رشدی در توییت هایی از کتاب خود دفاع کرده است.
در همین حال سازمان «عدالت برای ایران» با تسلیم یک شکایت، از پلیس ضد تروریسم بریتانیا خواست تا عطاالله مهاجرانی را که اکنون در لندن زندگی می‌کند، به دلیل «تشویق به تروریسم» و «توزیع محتوای تروریستی» تحت تعقیب کیفری قرار دهد.
گرچه میرحسین موسوی که در آن زمان نخست وزیر بود و اعلام کرده بود که این فتوا «اجرا خواهد شد»، اکنون در حصر خانگی است و ممکن است دیرتر واکنش نشان بدهد اما او هرگز موضعی بر خلاف نظرات بنیانگذار جمهوری اسلامی نگرفته و پیوسته از زمان زمامداری او به عنوان «دوران طلایی امام» یاد کرده است.