گروهی از نواندیشان دینی حمله به سلمان رشدی را «نشانه بحران در تفسیر بنیادگرایانه از اسلام» دانستند و سازمان همبستگی جمهوری خواهان ایران نیز مواضع رسانه‌های نزدیک به سپاه پاسداران را نشان‌دهنده حمایت تلویحی جمهوری اسلامی از این حمله دانست.
گروهی از نواندیشان دینی در بیانیه‌ای در واکنش به حمله به سلمان رشدی نوشتند: «ما تمام قد کنار قربانیان ترور ایستاده‌ایم» و «به اسلامی که مجوز ترور دهد کافریم.»
در این بیانیه تاکید شده که «تفسیر افراطی، کینه توزانه و کژبینانه از اسلام با برداشت سنتی اکثریت قاطع مسلمانان از دینشان اختلاف بنیادین دارد.»
این نواندیشان دینی همچنین این حمله را «نشانه بحران در تفسیر بنیادگرایانه از اسلام و دور جدیدی از تحولات خطرناک سیاسی در خاورمیانه و زخمی نوین بر چهره رابطه پیچیده اسلام و غرب» دانستند.
حسن یوسفی اشکوری، سروش دباغ، علیرضا رجایی، رضا علیجانی، احمد علوی، حسین کمالی، داریوش محمدپور و مهدی ممکن از جمله امضاکنندگان این بیانیه هستند.
سازمان همبستگی جمهوری خواهان ایران در بیانیه‌ای با اشاره به مواضع رسانه‌های وابسته به سپاه پاسداران و خامنه‌ای، حمایت «برخی از محافل پرنفوذ در ساختار قدرت ایران» از حمله به سلمان رشدی را نشان‌دهنده حمایت تلویحی جمهوری اسلامی از این حمله دانست.
این سازمان با اشاره به فتوای قتل سلمان رشدی توسط روح الله خمینی نوشت که «هنوز تیرهای هلاکت‌بار این فقیه مروج گفتمان بنیادگرایی اسلامی شیعه محور در آسمان دنیا در حال حرکت است و جان‌های انسانها را دچار خفقان و تباهی می‌کند.»
سازمان همبستگی جمهوری خواهان ایران همچنین خواستار برخورد قاطع و محکم دولت‌های دموکراتیک با حکومت‌هایی شد که به ترویج خشونت می‌پردازند.
روح‌الله خمینی، بنیانگذار و رهبر پیشین جمهوری اسلامی، در تاریخ ۲۵ بهمن سال ۱۳۶۷ فتوای قتل سلمان رشدی را صادر کرد و علی خامنه‌ای، رهبر کنونی جمهوری اسلامی، در سال ۱۳۸۳ فتوای خمینی را غیرقابل تغییر خواند.
همچنین بنیاد ۱۵ خرداد در سال ۱۳۹۱ با اضافه کردن مبلغ ۵۰۰ هزار دلار به جایزه اجرای فتوای خمینی برای قتل سلمان رشدی، مبلغ این جایزه را به سه میلیون و ۳۰۰ هزار دلار رساند.
با این حال بعدها مقام‌های جمهوری اسلامی گفتند که به طور مستقل طرحی برای کشتن سلمان رشدی ندارند.
