نرگس محمدی در پیامی درباره بازگشتش به زندان اوین نوشت: «سلام بر تپه‌های اوین که دهه‌هاست شاهد رنج و شکنجه و تیرباران و اعدام‌هاست. اوین وعده‌گاه عاشقان و تبلور اراده و قدرت زنان و مردانی است که زندان را که مظهر سرکوب حکومت استبدادی است، به زیستگاه انسان مبارز تبدیل کرده‌اند.»
نرگس محمدی در این پیام با عنوان «سلام بر اوین» که روز جمعه ۲۱ مرداد در حساب اینستاگرامش منتشر شد، نوشت که پس از سال‌ها دوباره به اوین بازگشته است. جایی که ۲۹ تیر، ۱۴ زندانی سیاسی زن سرودخوانان از در بزرگ وارد زندان شدند.
محمدی با اشاره به حضور پیشینش در بند زنان اوین نوشت: «طی پنج سالی که در اوین بودم نام بیش از ۲۰۰ زن را به خاطر سپرده بودم که آمدند و رفتند و هنوز برخی در زندان هستند. چشمانم به دنبال نشانی از هم‌بندی‌هایم است اما از بر جای مانده‌های دوران حبس ملافه صورتی با گل‌های ریز مریم اکبری منفرد، ملافه سبز با گل‌های درشت لاله مهوش شهریاری و ملافه قرمز آتنا دائمی که هنوز بر روی تخت اتاق دو است، بغضی بر گلو و اشکی بر چشمانم می‌دواند. سپیده چند عکس از علی و کیانا به دستم می‌دهد. باورم نمی‌شود.»
خانم محمدی که فرزندان و همسرش دور از او در فرانسه زندگی می‌کنند، همچنین نوشته است: «سپیده می‌گوید وقتی تو را بردند زنجان، عکس‌ها در بند ماند تا تو برگشتی. ۲۳ تیر ۹۴ جلوی چشمانم جان می‌گیرد. علی و کیانا با پاهای کوچکشان به سمت در خروجی اوین می‌دویدند و با صدای ضعیفی داد و فریاد می‌کردند که مامان نرگس خداحافظ، برویم بابا تقی را ببینیم باز بر‌می‌گردیم و من از آن روز به انتظار نشسته‌ام تا دوباره در آغوششان بگیرم.»
این زندانی سیاسی در ادامه نوشت: «به کارگاه معرق می‌روم. عسل کبوتر چوبی‌ای را که قبل از تبعیدم به زنجان بُرش داده بودم به دستم می‌دهد و می‌گوید: چند روز پیش از لابه‌لای چوب‌ها پیدایش کردم. می‌خواستم تکه‌ای از آن را برای کارم برش بدهم اما دلم نیامد. گفتم این کبوتر نرگس است. گذاشتم روی میز معرق. کبوتر منتظرت بود، نشست تا برگردی. بوسه‌ای بر گلوی کوچکش می‌زنم. مگر این وفاداری می‌تواند بی‌پیام و بی‌نشان باشد؟ گو اینکه چکمه‌های حکومت استبدادی، راه صدای آزادی را به ظلم و خشونت می‌فشارد اما سرود آزادی را پرنده‌ای سرخواهد داد.»
این فعال حقوق زنان در پایان پیام خود نوشت: «عکس‌های کیانا و علی، تکه‌های ملافه بر جای مانده یاران در بند و پرنده را به آغوش گرفته و شب سر بر بالشی می‌گذارم که یادگار زنان محبوس در جهنم قرچک است. پیراهن سفیدی پوشیدم که یادگار زنی در زندان و تبعیدگاه زنجان است. پیشانی بر زمینی می‌سایم که هر ذره‌اش پیام و نشانی دارد.»
انتقال نرگس محمدی از زندان قرچک به زندان اوین در حالی است که او پیشتر در پیامی از زندان قرچک درباره سرکوب حقوق زنان نوشت حکومت استبدادی زن‌ستیز، ارزش‌های انسانی را وارونه کرده است. خانم محمدی با اشاره به ممنوع شدن میوه‌هایی مثل موز و خیار در زندان زنان گفت: «در این نظام سلطه‌گر، صدای زن، موی زن و حتی میوه برای زن ممنوع است.»
محمدی پیشتر در نامه به گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل از او خواسته بود با تحت فشار قرار دادن جدی جمهوری اسلامی، مانع سرکوب و ریشه‌کنی نهادهای مدنی مستقل مردم ایران شود.
نرگس محمدی، فعال حقوق بشر و سخنگوی کانون مدافعان حقوق بشر و عالیه مطلب‌زاده، عکاس و نایب رئیس انجمن دفاع از آزادی مطبوعات صبح روز سه‌شنبه ۲۳ فروردین با هجوم نیروهای امنیتی به منزل نرگس محمدی بازداشت و برای تحمل حبس به زندان قرچک ورامین بازگردانده شدند.
او در تاریخ ۲۵ آبان ۱۴۰۰ و در جریان مراسم دومین سالگرد ابراهیم کتابدار، از جان‌باختگان آبان ۹۸ هم از سوی نیروهای امنیتی همراه با خشونت بازداشت و به بند امنیتی ۲۰۹ زندان اوین منتقل شده بود.
محمدی در مهر ماه سال ۹۹ پس از تحمل پنج سال و نیم حبس در زندان‌های اوین و زنجان، آزاد شد. نهادهای امنیتی اما پرونده دیگری را در دوران حبس علیه او گشودند و این فعال حقوق بشر را به «فعالیت تبلیغی علیه نظام جمهوری اسلامی ایران از طریق انتشار بیانیه (بیانیه مبارزه با اعدام)»، «تحصن در دفتر زندان (تحصن دی ماه سال۹۸ در اعتراض به کشتار مردم در خیابان‌های سراسر کشور)»، «تمرد از ریاست و مقامات زندان (برای پایان دادن به تحصن اعتراضی)»، «تخریب شیشه‌ها» و «افترا نسبت به اتهام شکنجه‌گری و ایراد ضرب و جرح» متهم کردند.
نرگس محمدی ضمن اعتراض به «اراده نهادهای امنیتی برای نشاندن شاکی در جایگاه متهم»، از شرکت در جلسات دادگاه سر باز زد.
در نهایت اما شعبه ۱۱۷۷ دادگاه کیفری دو مجتمع قضایی قدس تهران نرگس محمدی را به صورت غیابی در حکمی قطعی به تحمل ۸۰ ضربه شلاق تعزیری، ۳۰ ماه حبس تعزیری و پرداخت دو فقره جزای نقدی محکوم کرد.
محمدی اعلام کرد این حکم «ظالمانه و شرم‌آور» را نمی‌پذیرد.