در پی درخواست مسیح مهاجری مدیر مسئول روزنامه جمهوری اسلامی برای استعفای ابراهیم رئیسی، روزنامه کیهان او را «توجیه‌کننده سیاست‌های ویرانگر روحانی» و نوشته‌اش را «سخیف و مبتذل» خواند.
مهاجری در شماره روز ۱۷ اردیبهشت این روزنامه، در مطلبی نوشته بود که «نان، حتی در دوران جنگ تحمیلی هم گران نشد.»
او خطاب به رئیسی نوشت: «به این ترفند دلتان را خوش نکنید که رسانه‌های وابسته به دولت» انتقادکنندگان را «ضدانقلاب و وابسته به آمریکا و صهیونیسم بنامند.»
مدیر مسئول روزنامه جمهوری اسلامی در پایان مطلب خود خواستار استعفای رئیسی شد و تاکید کرد: «حالا که روشن شده شما نمی‌توانید از عهده حل مشکلات برآیید، شجاعانه کنار بروید و کار را به افراد کاردان بسپارید تا مردم و کشور را از این گرداب خطرناک نجات بدهند.»
اما روزنامه کیهان به مدیرمسئولی حسین شریعتمداری، در شماره روز یکشنبه خود در واکنش به این نوشته، ضمن حمله شدید به دولت حسن روحانی نوشت که مدیر مسئول روزنامه جمهوری اسلامی در دوره دولت روحانی «رویش را به سمت دیگری چرخانده بود و به جای بازخواست» مدیران «مجیز آنها را می‌گفت یا حداکثر لکنت زبان داشت.»
در این مطلب تاکید شده که خود مسیح مهاجری «باید قبل از هر چیز به خاطر ارائه تحلیل‌های مسمومی که موجب گرفتار کردن اقتصاد کشور و مردم شده، از افکار عمومی و نظام عذرخواهی کند.»
روزنامه‌های کیهان، جمهوری اسلامی و اطلاعات وابسته به رهبر جمهوری اسلامی هستند.
