سازمان حقوق بشر ایران پخش اعترافات اجباری علی یونسی و امیرحسین مرادی مبنی بر همکاری با سازمان مجاهدین خلق و ساخت و استفاده از بمب‌های آتش‌زا و صوتی را زمینه‌سازی برای صدور احکام سنگین علیه آنان دانست.
به گفته محمود امیری‌مقدم، مدیر سازمان حقوق بشر ایران، این اعتراف‌ها تحت فشار و شکنجه گرفته شده و «صرفا به منظور آماده‌سازی افکار عمومی برای احکام سنگین احتمالی علیه این دو دانشجو پخش می‌شوند.»
مجتبی حسینی، همبندی علی یونسی، پیش از این به سازمان حقوق بشر ایران گفته بود که او را در زمان بازداشت «طوری کتک زدند که تا ۱۰۰ روز از چشمش خون و چرک می‌آمد.»
بنا بر روایت مجتبی حسینی، ضبط اعتراف اجباری علی یونسی گاه یک شبانه‌روز طول می‌کشید و تا جملات از پیش تعیین‌شده با لحنی که بازجوها می‌خواستند بر زبان علی یونسی جاری نمی‌شد پایان نمی‌یافت.
غلامحسین اسماعیلی، سخنگوی قوه قضاییه، نیز چند ماه پس از بازداشت این دانشجویان آنها را به ارتباط با مجاهدین خلق و اقدامات «خرابکارانه» متهم کرد؛ سخنانی که آیدا یونسی، خواهر علی، آن را «مسخره» و «داستان‌سازی» خواند.
رضا یونسی، برادر او، نیز در گفت‌وگوبا ایران‌اینترنشنال این اتهام‌ها را «لجن‌پراکنی» با هدف «سرکوب نارضایتی ها» توصیف کرد.
علی یونسی، برنده مدال طلای المپیاد جهانی نجوم و امیرحسین مرادی، برنده مدال نقره المپیاد نجوم کشوری روز ۲۲ فروردین ۹۹ بازداشت شدند.
شمار متعددی از نهادهای علمی و حقوق بشری پیش از این خواستار آزادی این دو دانشجوی نخبه شده‌اند.