در پی انتشار نامه‌ای در خبرگزاری تسنیم که در آن حسن روحانی در آخرین روزهای ریاست جمهوری‌اش از «تخلیه همه موجودی خزانه» خبر داده بود، محمدباقر نوبخت رییس وقت سازمان برنامه و بودجه بدون رد اصل نامه، فقط خالی بودن خزانه را تکذیب کرد و گفت:«خزانه در پایان دولت دوازدهم خالی نبود.»
خبرگزاری تسنیم نزدیک به سپاه پاسداران و حامی دولت ابراهیم رییسی، نامه‌ای به تاریخ نهم مرداد و با امضای محمود واعظی، رئیس پیشین دفتر روحانی را منتشر کرد که در آن روحانی در پاسخ به درخواست برداشت از خزانه از سوی نوبخت اعلام کرده بود: «همه موجودی خزانه تخلیه شده است و موجودی وجود ندارد.»
نوبخت روز سه‌شنبه چهارم آبان به سایت خبری اقتصادنیوز گفت: «خزانه ورودی مستمر دارد و هر روز در آن مبالغی تجمیع می‌شود. این بدان معناست که خزانه هیچوقت خالی نمی‌شود.»
او ادامه داد: «حتی اگر چنین ادعای محالی صحت داشت، پس چطور طی سه ماه گذشته حقوق‌ها از سوی دولت جدید پرداخت شده است؟»
معاون پیشین حسن روحانی با این حال اصل نامه را تکذیب نکرد و گفت نوشته روحانی به معنی تمام شدن موجودی ردیف بودجه‌ای بود که برای به پایان بردن «طرح‌های عمرانی اولویت‌دار» در روزهای پایانی ریاست جمهوری روحانی در نظر گرفته شده بود.
درخواست نوبخت برای برداشت از خزانه مربوط به «تکمیل و بهره‌برداری از پروژه آبرسانی به آبیک» بوده است.
تسنیم در خبر انتشار این نامه نوشته بود: «تاکنون همگی این شواهد حاکی از تحویل یک خزانه خالی به دولت سیزدهم بود، هرچند سند رسمی برای اثبات آن وجود نداشت.»
پیشتر ابراهیم رئیسی، در دومین گفت‌وگوی تلویزیونی خود نیز گفته بود: «دولت در شرایط خوبی تحویل ما نشد. اینکه برخی دولت‌ها اعلام کردند خزانه خالی است، اگر بگویم وضع خزانه چه بود ممکن است بگویند شما هم با گله‌گذاری کار را آغاز می‌کنید.»
اشاره رئیسی به اظهارات حسن روحانی در سال ۱۳۹۲ است که پس از تحویل دولت از محمود احمدی‌نژاد گفت که دولت را با «خزانه خالی» تحویل گرفته است.
خبرگزاری مهر روز سه‌شنبه نوشت: «۸ سال پیش زمانی که دولت آقای روحانی بر مسند قدرت نشست، رئیس جمهور به غلط از خالی بودن خزانه سخن گفت که تا سال‌ها به حق مورد انتقاد رسانه‌ها و اهالی اقتصاد واقع شد، و اکنون جای بسی تعجب است که برخی از همان رسانه‌ها با ذوق‌زدگی در انتشار نامه مردادماه آقای روحانی از یکدیگر سبقت می‌گیرند.»
این خبرگزاری وابسته به سازمان تبلیغات اسلامی اضافه کرد انتشار چنین نامه‌ای از روحانی، «ارسال سیگنال ضعف به دشمن برای اعمال تحریم‌های بیشتر» است و همچنین «ناامید کردن مردم و فعالان اقتصادی» را به دنبال دارد.
خبرگزاری مهر با اشاره به موضع‌گیری‌های اخیر وزیر اقتصاد و رییس سازمان برنامه و بودجه دولت رئیسی نوشت که اساسا ادعای خالی بودن خزانه «از لحاظ اقتصادی» درست نیست.
از زمان آغاز ریاست جمهوری ابراهیم رئیسی انتقادها علیه عملکرد دولت روحانی افزایش یافته و برخی از منتقدان روحانی خواهان محاکمه او هستند.
به تازگی ۱۹۵نماینده مجلس شورای اسلامی گزارش جدیدی را درباره دولت دوازدهم به قوه قضاییه ارسال کردند که در آن، دولت روحانی به خاطر تاخیر در ترخیص کالاهای اساسی متخلف شناخته شده است.
پس از خروج آمریکا از برجام و وضع تحریم‌های جدید علیه جمهوری اسلامی، درآمدهای نفتی ایران شدیدا کاهش یافت و حسن روحانی در یک سخنرانی در آذرماه سال گذشته گفت که دولت او «بدترین شرایط درآمد نفتی را تجربه» کرده است.