عفو بین‌الملل در گزارش خود درباره سرکوب خیزش «زن، زندگی، آزادی»، با ترسیم ساختار سرکوب جمهوری اسلامی، می‌گوید این سرکوب کاملا سازمان‌دهی‌شده بود و ساختاری زنجیره‌ای از بالا به پایین داشت. در صدر فهرست، علی خامنهای، فرمانده کل قوا، محمد باقری، رییس ستاد کل نیروهای مسلح، و پس از آن‌ها ده‌ها فرمانده سپاه پاسداران، فرماندهان فراجا و مقام‌های وزارت کشور قرار داشتند. در این گزارش آمده است که کشتار معترضان، محصول شبکه‌ای از اقدامات به فرماندهی خامنهای بود.