انتشار دست‌خطی منسوب به مجتبی خامنهای، همزمان با طرح درخواست‌ها برای تغییر فتوای منع ساخت بمب اتم، بار دیگر اختلافات درون جمهوری اسلامی بر سر سیاست هستهای و نحوه مواجهه با آمریکا و اسرائیل را برجسته کرده است.
کامیار بهرنگ، عضو تحریریه ایران‌اینترنشنال، با اشاره به انتشار این نامه گفت جمهوری اسلامی می‌خواهد بدون پرداخت هزینه ساخت یا آزمایش بمب، از تهدید هستهای برای امتیازگیری استفاده کند.