دفتر علی خامنه‌ای از برگزاری مراسم عزاداری اربعین با حضور هزاران دانشجو در حسینیه این دفتر خبر داد، اما اشاره‌ای به حضور رهبر جمهوری اسلامی در این مراسم نکرد. در این مراسم «هزاران نفر از دانشجویان دانشگاه‌های کشور» شرکت کردند و برنامه شامل سخنرانی و مداحی بود.
بر اساس گزارش پنج‌شنبه ۲۳ مرداد دفتر رهبر جمهوری اسلامی، رحیم شرفی، سخنران این مراسم «تبعیت از رهبری الهی» را از عوامل جلب نصرت و رضایت خداوند بر اساس سنت‌های الهی دانسته است.
با آغاز جنگ ۱۲ روزه ایران و اسرائیل، حضور خامنه‌ای حتی در مراسم‌های رایج در دفتر خود کاهش معناداری یافته است.
یسرائیل کاتس، وزیر دفاع اسرائیل دوشنبه ۲۰ مرداد اعلام کرد شرکت‌کنندگان در عملیات «عروسی خونین»، عملیات هماهنگی که برای کشتن فرماندهان ارشد سپاه پاسداران در ۲۳ خرداد از سوی اسرائیل اجرا شد، منتظر اجرای این عملیات در مورد علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی هستند.
خامنه‌ای در طول دوران جنگ با ارسال پیام‌های تصویری تلاش کرد با مخطابان خود سخن‌بگوید.
اولین حضور عمومی خامنه‌ای پس از جنگ به ۱۴ تیر و مراسم عزاداری به مناسبت عاشورا در حسینیه دفتر خود بازمی‌گردد، زمانی که پس از ۲۲ روز به غیبت طولانی‌اش از عرصه عمومی پایان داد.
پس از آن خامنه‌ای تنها در دو مراسم عمومی ظاهر شده است، یکی دیدار با مسئولان قوه قضاییه در ۲۵ تیر و دیگری در مراسم کشته‌شدگان جنگ ۱۲ روزه با اسرائیل.
محمدمهدی رحمتی، مدیر مسئول خبرگزاری مهر، وابسته به سازمان تبلیغات اسلامی در توضیح غیبت‌های مکرر خامنه‌ای در مراسم‌های دفتر خود گفته است: «در شرایط جنگی همچنان حفظ جان رهبری اولویت اول است و هر گونه برنامه ریزی می‌بایست با در نظر گرفتن این شاخص مهم انجام شود.»
او ادامه داد: «متاسفانه در زمان‌های مختلف عدم رعایت اصول کار حرفه‌ای آسیب‌هایی را متوجه انقلاب و کشور کرده است.»
شیرین عبادی برنده نوبل صلح، پیش‌تر نوشته بود: «خامنه‌ای با اختفای ۲۳ روزه و پس از آن با درخواست سرود ایران به صورت نوحه، شخصا نرمش قهرمانانه به خرج داد و بر تمام آرمان‌های شیعی خود پاگذاشت. در تاریخ خواهند نوشت، که او دیکتاتوری هم عصر صدام حسین، قذافی و مبارک بود اما سر سوزنی عزت نفس نداشت.»
عبادی افزود: «او بر خلاف سایر دیکتاتورها که دست‌کم به خودشان باور داشتند، قدرت را گدایی می‌کرد و برخلاف تمام آرمان‌هایی که پیش‌تر فریادشان می‌زد، در شب عاشورا با خنده‌ای بر لب در میان گروهی دست‌نشانده حاضر شد.»
