علی خامنه‌ای درباره وضعیت حوزه علمیه در دوره پهلوی نوشت: «با پایداری مخلصانه و متوکّلانه از زیر تیغ آخته‌ی رضاخانی که برای محو نشانه‌ها و پایه‌های دین، به صغیر و کبیر رحم نمی‌کرد، به سلامت جَست.» او افزود طلاب صبح به بیرون شهر و شب به حجره‌های تاریک پناه می‌بردند.
علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، در پیامی هم‌زمان به همایش صدسالگی بازتاسیس حوزه علمیه قم نوشت: «حوزه در سال‌های آغازین، با پایداری مخلصانه و متوکّلانه‌ی او از زیر تیغ آخته‌ی رضاخانی که برای محو نشانه‌ها و پایه‌های دین، به صغیر و کبیر رحم نمی‌کرد، به سلامت جَست.»
او افزود حوزه علمیه قم «یک روز طلّابش برای حفظ جان خود از سحرگاه به زوایایی در بیرون شهر پناه می‌بردند و به درس و بحث می‌پرداختند و شبانگاه به حجره‌های تاریک در مدرسه‌ها بازمی‌گشتند، در چهار دهه پس از آن، کانونی شد که شعله‌های مبارزه با دودمان خبیث رضاخان را به سراسر ایران می‌فرستاد.»
خامنه‌ای دو وظیفه حوزه علمیه را « ترسیم خطوط اصلی و فرعی تمدّن نوین اسلامی و سپس تبیین و ترویج و فرهنگ‌سازی آن در جامعه» خواند و خواستار ارتباط بیشتر طلاب با مردم شد.
او همچنین خواستار مقابله با ناامید شدن طلاب از آینده شد.
