نهضت آزادی ایران در بیانیه‌ای «ترور وحشیانه روانشاد اسماعیل هنیه، مجاهد نستوه» را قویا محکوم کرد و این «اقدام تروریستی» اسرائیل را «نقض آشکار حاکمیت ملی و تمامیت ارضی و تجاوز به خاک ایران» خواند.
این بیانیه با اشاره به اینکه اسرائیل پس از تشدید فشار افکار عمومی جهان و ناکام ماندن در نابودی حماس، به دنبال گسترش دامنه جنگ و رویارویی مستقیم آمریکا و ایران است گفت با توجه به وعده دولت پزشکیان برای بهبود روابط با کشورهای همسایه و تنش‌زدایی در روابط بین‌الملل، اسرائیل مکان تهران و زمان تحلیف پزشکیان را برای ترور هنیه برگزید.
نهضت آزادی به مقام‌های جمهوری اسلامی به طور موکد توصیه کرد که در راستای منافع و امنیت ملی، از هرگونه تصمیم‌گیری و اقدام شتابزده و احساسی برای انتقام‌گیری که می‌تواند خواست دولت نتانیاهو را برآورده کند، بپرهیزند.
