در ادامه واکنش‌ها به سخنان علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی در مخالفت با رفراندوم، روزنامه ایران، ارگان دولت ابراهیم رئیسی، تاکید کرد بسیاری از حقوق اساسی شهروندان از جمله حقوق زنان و همچنین مسائل امنیتی قابل همه‌پرسی نیست، زیرا ممکن است منجر به نتایج «خطرناک» شود.
این روزنامه در شماره روز چهارم اردیبهشت نوشت: «مسائل مرتبط با امنیت ملی می‌توانند بسیار حساس باشند و بسته به شرایط خاص هر کشور، برگزاری رفراندوم در این مسائل ممکن است منجر به نتایج غیرقابل پیش‌بینی و خطرناک شود.»
جمهوری اسلامی برای سرکوب هرگونه اعتراض، همه مسائل و مطالبات مردمی از جمله مخالفت با حجاب اجباری را امنیتی و «توطئه دشمن» می‌داند تا راه را برای سرکوب آنها هموار سازد.
روزنامه ایران با حمایت از موضع خامنه‌ای در مخالفت با رفراندوم نوشت که برخی حقوق اساسی فردی و ساختار سیاسی مانند قوانین اساسی و مسائل امنیتی، تصمیمات درباره عملیات نظامی و افزایش بودجه دفاعی و سیاست‌های مالی نمی‌تواند برای رفراندوم مطرح شوند.
در حالی که در جریان خیزش سراسری علیه جمهوری اسلامی، مردم ایران خواستار سرنگونی جمهوری اسلامی شدند، این روزنامه همچنین درباره تغییرات احتمالی در ساختار سیاسی حکومت نوشت: «مسائلی مانند ساختار سیاسی کشور شامل قوانین اساسی، شکل دولت، نحوه انتخاب مقامات دولتی و... نیز به دلایل مختلفی که صاحب‌نظران علوم سیاسی به آن اشاره کرده‌اند، قابل طرح برای رفراندوم نیستند.»
اواخر فروردین، علی خامنه‌ای در دیدار با برخی دانشجویان در واکنش به برخی سخنان درباره برگزاری رفراندوم در ایران گفت: «مگر مسائل گوناگون کشور قابل رفراندوم است؟ کجای دنیا این کار را می‌کنند.» او افزود: «مگر همه مردم که باید در رفراندوم شرکت کنند امکان تحلیل آن مساله را دارند؟ این چه حرفی است.»
پس از این اظهارات، موجی از واکنش مقام‌های حکومتی در حمایت از خامنه‌ای به راه افتاد.
اما در واکنش به این سخنان، کاربران شبکه‌های اجتماعی و شماری از فعالان اجتماعی، سیاسی و رسانه‌ای، سخنان او را «بی‌شرمانه و وقیحانه» و نیز اوج بی‌اعتنایی حاکم به رای و نظر مردم و رعیت دانستن شهروندان دانستند.
نگرانی مقام‌ها و رسانه‌های حکومتی در ایران از برگزاری رفراندوم در حالی است که جمهوری اسلامی مدعی است اکثریت مردم از این حکومت حمایت می‌کنند.
روزنامه کیهان، وابسته به خامنه‌ای در مطلبی نوشت: «راهپیمایی‌های عظیم ۲۲ بهمن و روز جهانی قدس که هر ساله و در سراسر کشور برگزار شده و تقریبا اکثریت اقشار ملت را به صحنه می‌آورد، از جمله همین همه‌پرسی‌های دائم برای نظام جمهوری اسلامی است.»
همچنین وزیر ارشاد مدعی شد که ۸۰ درصد مردم موافق حجاب اجباری هستند. با این حال، حکومت از برگزاری همه‌پرسی شدیدا هراس دارد.
در این میان، بازنشر ویدیویی از محمود احمدی‌نژاد، رییس جمهوری پیشین ایران در باره ضرورت مراجعه به نظر مردم در همه‌پرسی، واکنش‌های متفاوتی در فضای سیاسی و رسانه‌های اجتماعی به‌دنبال داشته است.
سخنان احمدی‌نژاد در این ویدیو که به تازگی بازنشر شده، پاسخی به اظهارنظر جدید خامنه‌ای در مخالفت با همه‌پرسی ارزیابی شده است.
همزمان تصاویری از احمدی‌نژاد در منطقه نارمک تهران منتشرشده که از دور جدید فعالیت اجتماعی این عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام خبر می‌دهد.
پیش از این، حسن روحانی، میرحسین موسوی و مولوی عبدالحمید از چهره‌های سیاسی داخل ایران بودند که خواستار برگزاری همه‌پرسی شدند.