سندی که از سخنان بعضی فرماندهان ارشد سپاه در جلسه محرمانه با رهبر جمهوری اسلامی فاش شده، نشان می‌دهد که مجتبی خامنه‌ای پروژه جانشینی پدرش را همچنان دنبال می‌کند و با دخالت در عزل و نصب‌ها در بالاترین سطح، پس از کنار گذاشتن طائب، ظاهرا عبور از ابراهیم رئیسی را نیز آغاز کرده است.
طبق این سند افشا شده، در این جلسه برای اولین بار یدالله بوعلی، فرمانده سپاه فجر استان فارس، از مجتبی خامنه‌ای نام برد و معترض شد که ترتیبات جدید در «نیروهای نظامی خاص» با نظر شخص «مجتبی خامنه‌ای و نیروهای تحت امرش» ساختار تامین امنیت کشور را مخدوش می‌کند.
او هشدار داد عوض کردن این نیروها طبق نظر عده‌ای می‌تواند «فاجعه‌بار» باشد، اما در عین حال خاطرنشان کرد تمام نظرات مجتبی خامنه‌ای بد نبوده و تنها جابه‌جایی «افراد استخوان‌دار» می‌تواند ضربه بزند.
به گزارش مجتبا پورمحسن، عضو هیات تحریریه ایران‌اینترنشنال، شاید مهم‌ترین جابجایی که مجتبی خامنه‌ای به آن اقدام کرده، برکناری حسین طائب، رییس پیشین سازمان اطلاعات سپاه، باشد.
طائب که از نزدیکان مجتبی خامنه‌ای بود طی ۱۳ سال ریاست بر این سازمان با رهبری حلقه نزدیکان مجتبی خامنه‌ای، زمینه را برای حذف رقبای احتمالی او فراهم کرد.
از جمله مشهورترین چهره‌های حذف شده، صادق آملی لاریجانی بود که در پی محاکمه اکبر طبری، معاون پیشین دو رییس قوه قضاییه، از قدرت خارج شد. پس از آن نیز ابراهیم رئیسی در یک انتخابات مهندسی شده به قدرت رسید و علی لاریجانی حذف شد.
طبق سند افشا شده، در ادامه این جلسه محرمانه بعضی فرماندهان ارشد سپاه با علی خامنه‌ای، محمدحسین زیبایی‌نژاد مشهور به حسین نجات، جانشین فرمانده قرارگاه ثارالله، در دفاع از مجتبی خامنه‌ای تلویحا حذف طائب به دست او را تایید کرد.
حسین نجات در این جلسه گفت قدرت گرفتن مجتبی خامنه‌ای در جهت تسهیل امنیت است و خاطرنشان کرد جابجایی افراد کلیدی در دستگاه‌ها راهی برای مدیریت بحران است تا بتوان جلوی فروش و درز اطلاعات را گرفت.
در ماه‌های منتهی به برکناری طائب، موساد چند عملیات تروریستی سپاه پاسداران را خنثی کرد و با ترور یکی از نیروهای واحد ۸۴۰ سپاه در قلب تهران و بازجویی از دو عضو سپاه در داخل خاک ایران، ضربه بزرگی به اطلاعات سپاه پاسداران وارد کرد.
در ادامه جلسه محرمانه فرماندهان ارشد سپاه با علی خامنه‌ای، امیرعلی حاجی‌زاده، فرمانده هوافضای سپاه و از متهمان اصلی سرنگونی پرواز اوکراینی، از کمک‌های دفتر مجتبی خامنه‌ای در تامین مالی برنامه پهپادی و موشکی سپاه تمجید کرد.
همچنین در این جلسه محرمانه، عوض شهابی‌فر، یکی دیگر از فرماندهان نیروی قدس سپاه، مدعی شد که مجتبی خامنه‌ای از «علمای برتر در علوم نظامی» است و گفت قاسم سلیمانی و اسماعیل قاآنی، فرمانده کنونی نیروی قدس، از «اشراف» مجتبی خامنه‌ای به مسائل خارجی و خطرات خارجی برای نظام، ابراز شگفتی کرده‌اند.
مرتضی عمومهدی، جانشین فرمانده سپاه صاحب‌الزمان اصفهان، نیز در این جلسه محرمانه سخنانی گفت که از زمزمه‌های عبور از ابراهیم رئیسی خبر می‌دهد. او دولت ابرهیم رئیسی را «بی‌سواد» خواند و از قول مجتبی خامنه‌ای نقل کرد که مدیریان منصوب رئیسی در دولت توان و سواد ندارند و کشور را به بن‌بست اقتصادی کشانده‌اند.