پرونده همکاری او پس از خروج استراماچونی از ایران با استقلال بسته شد. در زمان حضور در فدراسیون فوتبال هم به دلیل درگیری با کروز دستیار کارلوس کیروش از فدراسیون رفت. ضد و خورد با علیرضا حقیقی در زمان حضور در باشگاه استقلال و شکستن بینی و فحاشی به دروازه‌بان تیم ملی در جام جهانی برزیل هم از دیگر حاشیه‌های این مدیر فوتبالی است. او که در یک مصاحبه رادیویی فدراسیون و سازمان لیگ ایران را به فساد گسترده متهم و گفته بود سالیانه پنج میلیون دلار در فوتبال ایران شرط‌بندی می‌شود با حکم کمیته اخلاق، با پنج سال محرومیت از فعالیت در تمام رشته‌های فوتبالی روبرو شد البته چندماه بعد با حکم کمیته استیناف در اسفند ۱۴۰۰ او تبرئه شد.
با جستجوی کوچک در رسانه‌های ایرانی مصاحبه‌های بسیاری از حمله و فحاشی علی خطیر دیده می‌شود از متهم کردن فدراسیون عزیزی خادم تا شخص زنوزی مالک باشگاه تراکتور. حالا که تاج پرچم سفید به دست از مردم گرفته تا تلویزیون و جمهوری اسلامی از همه عذرخواهی می‌کند باید دید با بازگشت علی خطیر که امروز با حکم مشاوره تاج به فدراسیون فوتبال برگشته است و با توجه به سابقه درگیری با کادرفنی کیروش ادامه همکاری سرمربی فعلی تیم ملی چگونه پیش خواهد رفت و فسادی که او در فدراسیون دیده و علیه آن موضع گرفته بود چگونه رفع و رجوع خواهد شد.