چند مرجع تقلید شیعه در دیدار با فرمانده کل انتظامی ضمن تمجید از اقدامات این نیرو در سرکوب معترضان خواستار برخورد با «فضای مجازی رها» و «حل مشکلات اقتصادی» شدند. ناصر مکارم شیرازی در دیدار حسین اشتری گفت: «نیروی انتظامی به خوبی توانسته در برابر ناامنی‌ها در میدان حضور پیدا کند.»
او «دشمنان خارجی»، «فضای مجازیِ رها» و «مشکلات اقتصادی و معیشتی» را سه دلیل اصلی اعتراضات در ایران دانست و گفت: «تا زمانی که این عوامل باشد، احتمال آشوب وجود دارد چرا که دشمنان خارجی همیشه در پی ضربه‌زدن به نظام اسلامی هستند و مشکلات اقتصادی نیز بهانه به دست آن‌ها می‌دهد.»
مکارم شیرازی در عین حال گفت: «لازم بود نیروی انتظامی و دیگر نهادهای ذی‌ربط گزارش جدی و فوری از تحقیقات خود ارائه می‌دادند تا جلوی این بهانه‌ها گرفته شود.»
حسین نوری همدانی، دیگر مرجع تقلید شیعه نیز گفت: «در این جریانات اخیر دشمنان با صرف هزینه‌های گزاف و تبلیغات وسیع از رسانه‌های معاند، سعی در ضرب زدن به نظام مقدس اسلامی را داشتند.»
او گفت باید حساب معترضانی را که به دلیل «هیجانات و قرار گرفتن تحت تاثیر رسانه‌ها» در تجمعات اعتراضی حضور یافته‌‌اند، از کسانی که «با برنامه‌ریزی و عناد با نظام اسلامی و ضرب زدن به مردم دست به اقداماتی زده‌اند»، جدا کرد.
مکارم شیرازی اما پس از خیزش مردمی در ایران در بیانیه‌ای گفته بود: «نقد و اعتراض حق مردم خصوصا جوانان است و با وجود مشکلات و نقایص، اگر نسبت به عملکرد مسوولین یا نحوه اجرای برخی قوانین، انتقادی وجود دارد، باید همچون موارد دیگر به صورت قانونی و با حفظ انضباط [مطرح شود] به گونه‌ای که مورد سوء‌استفاده دشمنان قرار نگیرد.»
نوری همدانی نیز گفته بود: «بر مسوولان لازم است به خواسته‌های مردم گوش دهند و مشکلات آن‌ها را حل کنند و نسبت به حقوق آنان حساس باشند.»
او در عین حال تاکید کرده بود: «هر گونه اهانت به مقدسات و تعرض به حقوق مردم عزیز و بیت‌المال محکوم است.»
تعدادی از دیگر مراجع تقلید و روحانیون قم نیز در دیدار با فرمانده نیروی انتظامی از سخنان رهبر جمهوری اسلامی حمایت کردند. از جمله هاشم حسنی بوشهری، دبیر حوزه‌های علمیه گفت: «باید از هر گونه اظهار نظری که تقویت کننده تحرکات دشمنان است، بپرهیزیم.»
این حمایت‌ها در حالی است که پیش از این، جمعی از طلاب و مدرسان حوزه‌های علمیه قم، مشهد و تهران، با صدور بیانیه‌ای اعلام کردند بر فرض پذیرش ولایت ابتدایی علی خامنه‌ای، او به دلیل «جنایات و تقصیرات متعدد در طول حکومتش و تکبر، تفرعن و استبداد رای»، از ولایت منعزل (عزل) شده است.
در این بیانیه تاکید شد احکام صادر شده از سوی خامنه‌ای و منصوبانش از جمله رییس قوه قضاییه و قضات، نامشروع، فاقد نفوذ و «مصداق رجوع به طاغوت» است.
این بیانیه در سایت زیتون منتشر شد که دیدگاه‌های روشنفکران دینی را منعکس می‌کند.
این روحانیون همچنین تاکید کردند اجبار بر رعایت حجاب، هیچ دلیل شرعی‌ای ندارد.
نویسندگان این بیانیه همچنین خبر دادند از طرف دفتر رهبر جمهوری اسلامی در قم، که «تحت مدیریت مجتبی خامنه‌ای اداره می‌شود»، نامه تهدیدآمیزی ارسال شده تا مبادا در این ایام، واکنش انتقادی نشان دهند.
این طلاب و مدرسان حوزه‌های علمیه قم، مشهد و تهران، از حکومت خواستند «سریعا به خشونت علیه معترضان پایان دهد»، «دست از کشتار مردم بکشد»، «بازداشت‌شدگان را آزاد کند» و هر چه سریع‌تر زمینه برگزاری «همه‌پرسی تحت نظارت سازمان‌های بین‌المللی» را فراهم کند.