محمد خاتمی و میرحسین موسوی که از فتوای قتل سلمان رشدی از سوی روحالله خمینی حمایت کرده بودند، در قبال حمله به او سکوت کردهاند. گرچه میرحسین موسوی که در آن زمان نخست وزیر بود و اعلام کرده بود که این فتوا «اجرا خواهد شد»، اکنون در حصر خانگی است و ممکن است دیرتر واکنش نشان بدهد اما او هرگز موضعی بر خلاف نظرات بنیانگذار جمهوری اسلامی نگرفته و پیوسته از زمان زمامداری او به عنوان «دوران طلایی امام» یاد کرده است.
عطاءالله مهاجرانی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در دولت اول محمد خاتمی که وادار به استعفا شد و اکنون در بریتانیا زندگی میکند نیز پس از حمله به سلمان رشدی در توئیتی بدون محکوم کردن این حمله نوشت: «فالکنز در نطق جایزه نوبل گفت: نویسنده بایست با اثر خود بر زیبایی و نیکویى و پارسایى و انساندوستى بیفزاید. سلمان رشدى در مجموعه آثارش کمتر چنان نشانههایى مىبینیم. امیدوارم پس از این حادثه تلخ فرصت نوشتن رمانى را بیابد براى شنیدن سخن فالکنز نه اهانت به محمد و ابراهیم و مریم.»
در حالی که مشخص نیست منظور مهاجرانی از فالکنز کیست، او در توئیتهای دیگری ضمن اشاره به کتاب خود درباره رمان «آیههای شیطانی» از نوشتن آن ابراز خوشحالی کرد. او نوشت حقالتألیف این کتاب که ۳۰ بار تجدید چاپ شده، «حلال و شیرین و گوارا باد.»
مهاجرانی نوشت که از محاکمه در لندن به دلیل نوشتن این کتاب استقبال می کند.
او دقایقی بعد این توئیت خود را پاک کرد و در توئیت دیگری نوشت: «امروزه نيز بعد از حادثه مجروح شدن رشدى، همان نغمه كتاب من و فتواى امام نو شده است. من محاكمه در دادگاه لندن را، درخشانتر از استيضاح مىدانم، آمادهام تا از اين فرصت طلايى بهرهمند شوم. جدى باشيد.»
وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی دولت اصلاحات همچنین در توئیتی کار خود را به عنوان نویسنده، «تبیین فتوای امام» خواند.
مهاجرانی پس از صدور فتوای قتل سلمان رشدی، در ۴۰ روز کتاب «توطئه آیات شیطانی» را در دفاع از این فتوا نوشت. او در این کتاب نوشت که «کعب بن اشرف»، درباره زنان مسلمانان شعرهایی عشقی و جنسی میسرود و یکی از مسلمانان از پیامبر اسلام اجازه میگیرد با دروغ او را فریب دهد و به قتل برساند.
مهاجرانی نوشت: «سلمان رشدی با توجه به اقرار آشکارش در کتاب "لبخند یوزپلنگ" که خود را کافر خوانده است و با توجه به اهانت و استهزا باورهای مسلمانان ... مرتد و سآب رسولالله است؛ یعنی سبکننده و دشنامگویی نسبت به پیامبر اسلام و قرآن و ... است ... اهانتها و استهزا و هتاکی او از روی قصد و اختیار صورت گرفته ... و او مرتد فطری است.»
او در عین حال سال ۸۹ در مصاحبهای با شبکه العربیه گفت با کشتن نویسنده به خاطر نوشتش مخالف است.
میرحسین موسوی نیز که در زمان این فتوا نخست وزیر بود در بیانیهای اعلام کرد: «بدون شک، فتوای امام امت درباره سلمان رشدی عملی خواهد شد و کسی که آلت دست صهیونیسم علیه اسلام شده است و وقیحانه به اسلام و پیامبر اسلام حمله کرده است، به کیفر خود خواهد رسید.»