کمیسیون عالی سوانح راه‌آهن اعلام کرد که قرار گرفتن بیل مکانیکی در مسیر قطار مسافری مشهد – یزد با دستور سرپرست تعمیرات خط راه آهن انجام شده بود و قطار نیز سرعت غیر مجاز داشته است.
بنا بر گزارش این کمیسیون، در بخشی از این مسیر شب‌ها عملیات تعمیرات در حال انجام بوده و ساعت ۴:۲۵ دقیقه روز ۱۸ خرداد پایان عملیات تعمیرات اعلام و تردد قطارها آزاد می‌شود.
بر اساس این گزارش، با این حال پس از اعلام تردد قطارها، سرپرست عملیات خط در محل بهسازی بدون هرگونه هماهنگی قبلی با کنترل و ایستگاههای طرفین به راننده بیل مکانیکی دستور داده که بیل را برای جای‌گذاری زنجیر چرخ در داخل خط راه آهن قرار دهد.
به گفته کمیسیون سوانح، همچنین به قطارها اعلام شده بوده که در این مسیر به دلیل تعمیرات حداکثر ۱۵ کیلومتر سرعت داشته باشند اما قطار مشهد – یزد سرعت غیر مجاز داشته است.
کمیسیون عالی سوانح راه‌آهن اعلام کرد که شناسایی سایر علل و عوامل این سانحه ادامه دارد.
رستم قاسمی، وزیر راه و شهرسازی، پیش از این دلیل این سانحه را خطای راننده بیل مکانیکی اعلام کرده بود و میعاد صالحی، مدیرعامل راه‌آهن، گفته بود که لکوموتیوران سرعت غیرمجاز داشته است.
صالحی اعلام کرده بود که لکوموتیوران مشکلی نداشت اما تست هوشیاری راننده بیل‌مکانیکی مثبت بود که راننده بیل‌مکانیکی برای بررسی‌های بعدی در بازداشت است.
علی موحدی‌راد، رییس کل دادگستری خراسان جنوبی، پیش از این از دستور بازداشت شش نفر در ارتباط با این حادثه خبر داده بود.
قطار مسافربری مشهد به یزد با ۱۱ واگن، صبح روز چهارشنبه ۱۸ خرداد از ریل خارج شد و رییس دادگستری خراسان جنوبی تعداد جان باختگان را ۲۲ نفر اعلام کرده بود.
با این حال فریبرز آیتی، مدیرکل پزشکی قانونی استان یزد، روز یکشنبه گفت که ۱۴ نفر در این حادثه جان باختند و شناسایی اجساد به پایان رسیده است.
آیتی در مورد تفاوت آمارهای ارائه شده در مورد جانباختگان این حادثه نیز گفت که آمارهای قبلی از مبادی غیر رسمی و براساس تعداد کاورهای حمل قطعات اجساد اعلام شده است.
در سال‌های گذشته تعدادی از شهروندان در حوادث قطار در ایران کشته شده‌اند. از جمله پنجم آذر سال ۱۳۹۵، قطار سمنان - مشهد از پشت به قطار تبریز - مشهد که در همان ریل متوقف بود، برخورد کرد و ۴۸ نفر جان باختند.
۲۹ بهمن سال ۱۳۸۲ نیز در حادثه انفجار واگن‌های حامل سوخت در ایستگاه راه‌آهن نیشابور بیش از ۳۵۰ نفر کشته شدند.
