محمد باقری، رییس ستاد کل نیروهای مسلح طرح جامع ساختار و سازمان فرماندهی انتظامی جمهوری اسلامی را که پیش‌تر به تصویب علی خامنه‌ای رسیده بود، ابلاغ کرد.
باقری در مراسم رونمایی از این طرح گفت: «طرح پس از سالیان زیادی تلاش، تدوین شد و در نهایت علی خامنه‌ای با این طرح تحولی و ارتقای ناجا، موافقت کرد.»
بر مبنای این طرح، پلیس اطلاعات و امنیت عمومی ناجا به دو مجموعه سازمان اطلاعات و پلیس امنیت عمومی تبدیل شده و به این ترتیب نیروی انتظامی هم مانند سپاه پاسداران به نهادی نظامی بدل می‌شود که دارای سازمان اطلاعات مستقل و با کارکردی امنیتی و اطلاعاتی است.
پیش از این و در سال ۱۳۸۸، معاونت اطلاعات سپاه به سازمان اطلاعات تبدیل شد که رییس آن مستقیما از سوی رهبر جمهوری اسلامی تعیین می‌شود.
سازمان اطلاعات سپاه از بدو راه‌اندازی نقش موثری در سرکوب آزادی بیان و پرونده‌سازی برای بسیاری از فعالان سیاسی، مدنی، صنفی و… در ایران داشته است.
حالا با تبدیل پلیس اطلاعات نیروی انتظامی به سازمان اطلاعات، یک نهاد امنیتی جدید به مجموعه پرشمار نهادهای موازی اطلاعاتی و امنیتی ایران افزوده شده است.
در مواردی مانند پرونده بازداشتی‌های محیط زیستی، اختلافات نهادهای امنیتی موازی در جمهوری اسلامی، افراد زیادی را قربانی کرده و دلایل افزوده شدن یک سازمان تازه اطلاعاتی و امنیتی به این مجموعه‌ها نامشخص است.